More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1484 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  100 
 
 		 332 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.2 
 
 		 332 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  81.74 
 
 		 334 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.62 
 
 		 326 aa  537  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  83.38 
 
 		 327 aa  531  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.85 
 
 		 327 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  84.36 
 
 		 327 aa  531  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.85 
 
 		 327 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.69 
 
 		 343 aa  531  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  83.99 
 
 		 327 aa  532  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  81.74 
 
 		 334 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.91 
 
 		 342 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.34 
 
 		 327 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.69 
 
 		 321 aa  525  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  81.57 
 
 		 329 aa  527  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  80.61 
 
 		 327 aa  527  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  80.55 
 
 		 328 aa  514  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  82.3 
 
 		 322 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  78.42 
 
 		 328 aa  509  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  82.02 
 
 		 322 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  81.33 
 
 		 326 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  81.73 
 
 		 327 aa  501  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  82.28 
 
 		 326 aa  502  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  82.03 
 
 		 328 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  81.46 
 
 		 305 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  80.12 
 
 		 329 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  77.04 
 
 		 322 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  75.93 
 
 		 334 aa  470  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  80 
 
 		 327 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  77.74 
 
 		 327 aa  465  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  77.14 
 
 		 327 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  68.47 
 
 		 325 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  69.74 
 
 		 323 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.26 
 
 		 325 aa  384  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  59.37 
 
 		 333 aa  361  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.26 
 
 		 344 aa  350  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.94 
 
 		 344 aa  348  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  60.32 
 
 		 343 aa  348  9e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  60.9 
 
 		 348 aa  345  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.77 
 
 		 356 aa  345  5e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  60.58 
 
 		 349 aa  345  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.29 
 
 		 345 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.97 
 
 		 350 aa  345  8e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.29 
 
 		 350 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  61.89 
 
 		 354 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  62.71 
 
 		 358 aa  343  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  60.77 
 
 		 356 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  60.65 
 
 		 356 aa  344  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  60.32 
 
 		 355 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  60.97 
 
 		 344 aa  342  7e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.51 
 
 		 353 aa  340  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.97 
 
 		 351 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  56.27 
 
 		 325 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  52.27 
 
 		 320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  54 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  50.16 
 
 		 325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  48.69 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  50.33 
 
 		 329 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  48.2 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  48.82 
 
 		 323 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  47.8 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  47.8 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.05 
 
 		 310 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  44.03 
 
 		 366 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  48.32 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.91 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  44.48 
 
 		 320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  40.65 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.76 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  47.87 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  40.39 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.08 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  45.42 
 
 		 322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  46.95 
 
 		 320 aa  235  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  42.9 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  43.4 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  40.66 
 
 		 346 aa  193  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  36.73 
 
 		 438 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  37.76 
 
 		 438 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  37.76 
 
 		 440 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  36.49 
 
 		 450 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  37.71 
 
 		 349 aa  161  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  36.09 
 
 		 455 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  37.25 
 
 		 441 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9811  type IV secretion protein AvhB11  36.71 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  34.35 
 
 		 478 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  34.45 
 
 		 468 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2070  type II secretion system protein E  38.46 
 
 		 440 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  36.21 
 
 		 442 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.59 
 
 		 444 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  37.01 
 
 		 464 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  35.76 
 
 		 455 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  35.63 
 
 		 451 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  35.63 
 
 		 451 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  36.42 
 
 		 491 aa  156  6e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  34.87 
 
 		 572 aa  155  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4170  type II secretion system protein E  36.22 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  35.76 
 
 		 455 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  35.43 
 
 		 454 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  35.43 
 
 		 454 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>