194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1401 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1401  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
118 aa  232  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0891188 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  80.51 
 
 
117 aa  187  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.12 
 
 
117 aa  184  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.12 
 
 
117 aa  184  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.12 
 
 
117 aa  184  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2566  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.42 
 
 
117 aa  179  9.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000389838  unclonable  0.0000000322827 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.63 
 
 
118 aa  172  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
130 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183581  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.62 
 
 
130 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0999  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.13 
 
 
129 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00888073 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2607  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.58 
 
 
130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00298684  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.56 
 
 
132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2867  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.3 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  0.0189372 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0644  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.84 
 
 
133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.58 
 
 
130 aa  123  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_004310  BR0651  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.84 
 
 
133 aa  123  9e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.517828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.54 
 
 
130 aa  123  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1895  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.91 
 
 
136 aa  122  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000285128 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.58 
 
 
130 aa  123  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0030  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.18 
 
 
137 aa  123  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.480574  normal  0.0218985 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2446  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.93 
 
 
131 aa  122  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.05 
 
 
136 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195903  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0676  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.91 
 
 
135 aa  121  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.37 
 
 
134 aa  120  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0992  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
134 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.310133  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1145  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
134 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3197  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
136 aa  120  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114465  normal  0.694875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
136 aa  120  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.192776 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3393  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.67 
 
 
131 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0490453  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.9 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.77 
 
 
129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.06 
 
 
123 aa  107  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.229817  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.33 
 
 
114 aa  106  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
114 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.44 
 
 
119 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0377  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.68 
 
 
132 aa  96.7  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648225  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.69 
 
 
113 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.57 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.94 
 
 
121 aa  75.5  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.06 
 
 
95 aa  73.6  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.64 
 
 
91 aa  70.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.91 
 
 
80 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
107 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.14 
 
 
74 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.96 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.86 
 
 
87 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  60.71 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968364  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3212  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000144072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
86 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
86 aa  65.5  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
86 aa  65.5  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2400  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0782645  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1051  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000307419 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.48 
 
 
107 aa  65.1  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  56.06 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  56.06 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
91 aa  64.7  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.82 
 
 
87 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.56 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.56 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.36 
 
 
70 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
91 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.71 
 
 
70 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.93 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2285  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.7 
 
 
68 aa  62  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153999  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1286  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.73 
 
 
68 aa  62  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000230469  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.93 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.93 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  54.55 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.93 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.4 
 
 
93 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.71 
 
 
97 aa  61.6  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
87 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.36 
 
 
111 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.11 
 
 
92 aa  61.6  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  60.71 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4493  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  62  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0090  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
91 aa  61.6  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
68 aa  61.2  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.35 
 
 
92 aa  61.6  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.11 
 
 
90 aa  61.6  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.55 
 
 
98 aa  61.2  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.41 
 
 
91 aa  61.2  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1334  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.62 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0730  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.69 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240261 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.41 
 
 
91 aa  61.2  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.18 
 
 
91 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>