More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1279 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  100 
 
 		 323 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  62.17 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  63.16 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  62.17 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  60.32 
 
 		 317 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  58.5 
 
 		 308 aa  339  4e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  55.99 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  50.93 
 
 		 319 aa  295  9e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  51.72 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  49.84 
 
 		 328 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  47.13 
 
 		 351 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  48.08 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  46.39 
 
 		 319 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  48.4 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  47.15 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  46.11 
 
 		 320 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  47 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  49.35 
 
 		 314 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 347 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  45.62 
 
 		 339 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  48.86 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.3 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.26 
 
 		 332 aa  245  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  45.48 
 
 		 354 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  46.37 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.65 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  44.87 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  45.76 
 
 		 328 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  48.04 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  45.57 
 
 		 328 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.17 
 
 		 317 aa  238  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  47.71 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.3 
 
 		 307 aa  233  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.3 
 
 		 307 aa  232  8.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  46.93 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  48.61 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.69 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  47.67 
 
 		 291 aa  225  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  43.97 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  45.89 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.87 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.42 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.42 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.42 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.74 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.37 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.04 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 		 292 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  39.16 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  40.78 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  40.19 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  40.92 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  40.98 
 
 		 299 aa  199  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.91 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  40.27 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.04 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  41.86 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  40.47 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  39.8 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  41.97 
 
 		 305 aa  194  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.22 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.07 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.89 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.22 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  36.31 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.89 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  42.35 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  40.38 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.44 
 
 		 324 aa  189  7e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  40.86 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  40.46 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.7 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.11 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  35.53 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  38.49 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>