More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1108 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2080  AMP-dependent synthetase and ligase  67.76 
 
 		 543 aa  739    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7038  hypothetical protein  63.82 
 
 		 544 aa  698    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3553  acyl-CoA synthetase  59.6 
 
 		 540 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1502  AMP-dependent synthetase and ligase  65.26 
 
 		 545 aa  683    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2483  AMP-dependent synthetase and ligase  59.16 
 
 		 548 aa  658    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.279875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1108  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 551 aa  1134    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2369  acyl-CoA synthetase  60.15 
 
 		 540 aa  644    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4171  AMP-dependent synthetase and ligase  67.1 
 
 		 543 aa  700    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  66.97 
 
 		 544 aa  720    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  65.93 
 
 		 542 aa  724    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591871  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4590  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 551 aa  1134    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.907923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4540  AMP-dependent synthetase and ligase  67.46 
 
 		 543 aa  702    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2221  acyl-CoA synthetase  59.78 
 
 		 540 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1658  acyl-CoA synthetase  61.08 
 
 		 542 aa  645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.125326  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2093  acyl-CoA synthetase  57.72 
 
 		 542 aa  640    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100174  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  59.08 
 
 		 548 aa  649    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  58.46 
 
 		 550 aa  641    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0896483  normal  0.0414381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2689  AMP-dependent synthetase and ligase  68.85 
 
 		 543 aa  749    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.586965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  60.77 
 
 		 542 aa  673    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.656252  hitchhiker  0.0000000000010579 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0511  AMP-dependent synthetase and ligase  58.27 
 
 		 551 aa  641    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  59.16 
 
 		 545 aa  657    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25250  acyl-CoA synthetase  58.68 
 
 		 540 aa  635    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1170  acyl-CoA synthetase  62.98 
 
 		 543 aa  694    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0279011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3817  acyl-CoA synthetase  57.51 
 
 		 539 aa  635    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.710335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2536  acyl-CoA synthetase  72.39 
 
 		 558 aa  802    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1570  acyl-CoA synthetase  59.78 
 
 		 549 aa  634  1e-180  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09660  acyl-CoA synthetase  57.56 
 
 		 540 aa  628  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00865902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0900  acyl-CoA synthetase  57.56 
 
 		 540 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0183173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4259  AMP-binding protein  56.27 
 
 		 541 aa  626  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  58.52 
 
 		 546 aa  618  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  57.86 
 
 		 547 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4096  acyl-CoA synthetase  55.74 
 
 		 547 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0024  acyl-CoA synthetase  57.38 
 
 		 544 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.702064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3533  acyl-CoA synthetase  57.12 
 
 		 546 aa  617  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.8024  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4308  acyl-CoA synthetase  57.01 
 
 		 544 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458975  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0019  acyl-CoA synthetase  57.2 
 
 		 544 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3119  acyl-CoA synthetase  55.76 
 
 		 549 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186561  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5768  acyl-CoA synthetase  56.46 
 
 		 544 aa  610  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.915964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2005  acyl-CoA synthetase  55.56 
 
 		 547 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0857661  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0226  acyl-CoA synthetase  57.12 
 
 		 545 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2684  acyl-CoA synthetase  55.39 
 
 		 549 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2720  acyl-CoA synthetase  55.2 
 
 		 549 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120351  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6424  AMP-dependent synthetase and ligase  56.59 
 
 		 551 aa  599  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2709  acyl-CoA synthetase  54.81 
 
 		 549 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5939  AMP-dependent synthetase and ligase  55.76 
 
 		 559 aa  597  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4911  AMP-dependent synthetase and ligase  54.11 
 
 		 550 aa  598  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4913  AMP-dependent synthetase and ligase  54.23 
 
 		 545 aa  591  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  54.23 
 
 		 545 aa  591  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0550813  normal  0.598947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2076  AMP-dependent synthetase and ligase  54.26 
 
 		 556 aa  587  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0086171 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6506  AMP-dependent synthetase and ligase  54.23 
 
 		 545 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3222  acyl-CoA synthetase  56.59 
 
 		 550 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.831142  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2782  acyl-CoA synthetase  56.67 
 
 		 543 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0317959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4071  acyl-CoA synthetase  56.59 
 
 		 550 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4295  acyl-CoA synthetase  56.59 
 
 		 550 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6767  acyl-CoA synthetase  56.3 
 
 		 543 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196968  normal  0.258132 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4191  acyl-CoA synthetase  56.09 
 
 		 550 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1076  acyl-CoA synthetase  57.3 
 
 		 553 aa  579  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  55.6 
 
 		 652 aa  581  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.497537  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6026  AMP-dependent synthetase and ligase  53.2 
 
 		 550 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1435  putative CoA ligase (AMP-forming)  54.78 
 
 		 552 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.760271  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1394  acyl-CoA synthetase  56.93 
 
 		 553 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592914  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1474  acyl-CoA synthetase  56.75 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2306  acyl-CoA synthetase  56.93 
 
 		 553 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0993  acyl-CoA synthetase  56.93 
 
 		 553 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.936979  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1724  acyl-CoA synthetase  56.41 
 
 		 556 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1686  acyl-CoA synthetase  56.93 
 
 		 553 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0138  acyl-CoA synthetase  56.75 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0509  acyl-CoA synthetase  56.93 
 
 		 553 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 		 550 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3713  acyl-CoA synthetase  55.9 
 
 		 550 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0683  AMP-dependent synthetase and ligase  55.27 
 
 		 550 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000214245  normal  0.363431 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4310  acyl-CoA synthetase  56.64 
 
 		 550 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.213622 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6221  AMP-dependent synthetase and ligase  53.79 
 
 		 550 aa  566  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0833  AMP-dependent synthetase and ligase  55.05 
 
 		 541 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0919846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2979  AMP-dependent synthetase and ligase  53.58 
 
 		 543 aa  545  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0673597  normal  0.286044 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1565  AMP-dependent synthetase and ligase  52.95 
 
 		 543 aa  543  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0063  AMP-dependent synthetase and ligase  54.41 
 
 		 550 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0180  AMP-dependent synthetase and ligase family protein  47.1 
 
 		 554 aa  526  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.115712 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6109  AMP-dependent synthetase and ligase  49.09 
 
 		 558 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649133  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  52.96 
 
 		 548 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0193  AMP-dependent synthetase and ligase  48.01 
 
 		 554 aa  523  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  53.15 
 
 		 549 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2795  acyl-CoA synthetase  52.08 
 
 		 548 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2111  AMP-dependent synthetase and ligase  47.24 
 
 		 560 aa  519  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35940  acyl-CoA synthetase  52.64 
 
 		 548 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0629004  hitchhiker  4.55863e-16 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1599  AMP-binding protein  52.96 
 
 		 549 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.4226  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  49.06 
 
 		 541 aa  488  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  49.43 
 
 		 560 aa  479  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  49.24 
 
 		 523 aa  476  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2329  AMP-dependent synthetase and ligase  47.84 
 
 		 521 aa  458  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.247287  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3751  hypothetical protein  50 
 
 		 549 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 		 549 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  41.26 
 
 		 549 aa  416  9.999999999999999e-116  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.01 
 
 		 523 aa  379  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 		 530 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  40.42 
 
 		 531 aa  334  2e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04201  AMP-binding enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G04270)  37.72 
 
 		 592 aa  332  1e-89  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.475143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 		 541 aa  322  8e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0820  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 538 aa  312  1e-83  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.594452 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4009  AMP-dependent synthetase and ligase  37.54 
 
 		 540 aa  310  2.9999999999999997e-83  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>