More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1086 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 501 aa  1029    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  54.11 
 
 		 506 aa  541  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.3 
 
 		 512 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.91 
 
 		 494 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.1 
 
 		 512 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  57.09 
 
 		 489 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  55.07 
 
 		 494 aa  521  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.51 
 
 		 506 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 		 534 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 534 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.32 
 
 		 534 aa  405  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 520 aa  391  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  42.95 
 
 		 521 aa  373  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  41.73 
 
 		 534 aa  367  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.02 
 
 		 516 aa  358  9e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  44.87 
 
 		 510 aa  351  2e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  39.73 
 
 		 528 aa  351  2e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  44.1 
 
 		 502 aa  348  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.76 
 
 		 524 aa  346  6e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.2 
 
 		 518 aa  340  5e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 547 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.48 
 
 		 506 aa  332  1e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.2 
 
 		 524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.75 
 
 		 526 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  31.26 
 
 		 522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  34.7 
 
 		 502 aa  261  2e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.46 
 
 		 511 aa  194  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.03 
 
 		 572 aa  189  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 		 544 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.83 
 
 		 561 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 		 563 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 		 539 aa  171  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 		 504 aa  168  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.86 
 
 		 536 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 		 533 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.52 
 
 		 539 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 540 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.68 
 
 		 550 aa  164  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.54 
 
 		 532 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 		 539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 		 539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 		 539 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 		 539 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.8 
 
 		 531 aa  155  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 		 533 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 		 539 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 533 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 		 534 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 		 545 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 		 553 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.23 
 
 		 551 aa  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 		 539 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.22 
 
 		 545 aa  150  4e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 		 539 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.9 
 
 		 522 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  26.88 
 
 		 537 aa  150  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  25.58 
 
 		 549 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 538 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 		 552 aa  146  9e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.7 
 
 		 537 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  26.7 
 
 		 537 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.7 
 
 		 537 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  26.52 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  26.52 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  26.52 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  26.52 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.58 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.58 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.68 
 
 		 550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.46 
 
 		 515 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.74 
 
 		 549 aa  137  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.9 
 
 		 573 aa  136  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.61 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.95 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.8 
 
 		 527 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 545 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 		 545 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.06 
 
 		 556 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  28.73 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  28.73 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.73 
 
 		 563 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 553 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 		 547 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 547 aa  123  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  25.87 
 
 		 558 aa  123  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.2 
 
 		 556 aa  123  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.63 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 755 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.2 
 
 		 526 aa  120  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.38 
 
 		 526 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.69 
 
 		 549 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 		 522 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.51 
 
 		 518 aa  117  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 		 563 aa  117  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>