More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1020 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  599  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  46.45 
 
 		 298 aa  276  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 283 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 316 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.97 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 284 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.51 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  33.58 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 287 aa  149  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 289 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  34.44 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.05 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 288 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  31.66 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 279 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  31.44 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  31.3 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>