118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0873 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 149 aa  290  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  66.92 
 
 		 137 aa  155  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  73.87 
 
 		 137 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  73.87 
 
 		 137 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  60.91 
 
 		 132 aa  126  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  53.45 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  53.27 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  67.74 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  50.88 
 
 		 162 aa  94.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  50.93 
 
 		 240 aa  93.2  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  42.98 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  44.25 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  41.82 
 
 		 189 aa  73.9  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  43.36 
 
 		 119 aa  73.6  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  49.19 
 
 		 174 aa  68.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  47.71 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  41.23 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  46.79 
 
 		 111 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  48.62 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  40.95 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  39.17 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  45.45 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  49.43 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  48.18 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  44.04 
 
 		 242 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  44.95 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  32.3 
 
 		 227 aa  62  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  43.69 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  41.9 
 
 		 133 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  52.87 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4708  ribonuclease P  31.11 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  42.2 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  47.06 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  42.17 
 
 		 138 aa  57  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  47.73 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  38.3 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  47.12 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5267  ribonuclease P  41.33 
 
 		 131 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.115584  normal  0.101846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  43.84 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2139  ribonuclease P protein component  48.15 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  36.11 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  36.7 
 
 		 116 aa  51.2  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  49.15 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3123  ribonuclease P protein component  32.11 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000000870513  hitchhiker  0.0000000610775 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  39.74 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1943  ribonuclease P  30.56 
 
 		 117 aa  48.9  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0018816  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  37.5 
 
 		 141 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  36.9 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0522  ribonuclease P protein  41.18 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  37.31 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4984  ribonuclease P protein component  37.5 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38050  ribonuclease P protein component  40.79 
 
 		 91 aa  47.4  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  36.36 
 
 		 115 aa  47.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  36.36 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  36.36 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  36.36 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  36.36 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  36.36 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  29.31 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  53.06 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000601305  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  36.36 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  36.36 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  38.57 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2557  ribonuclease P protein component  46.77 
 
 		 91 aa  47  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000049885  normal  0.280398 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  40.3 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  39.8 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  36.36 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  50 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5095  ribonuclease P protein component  37.72 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4699  ribonuclease P protein component  62.16 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259793  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  45.05 
 
 		 141 aa  45.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  48.98 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  36.23 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  48.98 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  35.9 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  37.7 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  35.06 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  53.06 
 
 		 120 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  30.43 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0047  ribonuclease P protein component  30.77 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  53.06 
 
 		 126 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000841875  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  27.2 
 
 		 131 aa  45.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1438  RNase P protein component  41.67 
 
 		 119 aa  45.1  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  48.98 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0896  ribonuclease P  37.66 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  42.03 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  44.9 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000948284  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3966  ribonuclease P protein component  45.59 
 
 		 122 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.142048  normal  0.0834112 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1368  ribonuclease P protein component  37.35 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.778952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3116  ribonuclease P protein  38.89 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0093  ribonuclease P protein component  30.63 
 
 		 109 aa  43.9  0.0008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  44.78 
 
 		 154 aa  43.5  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4224  ribonuclease P protein component  51.16 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23470  ribonuclease P protein component  67.74 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3433  ribonuclease P  33.77 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  31.94 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5414  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  34.29 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  29.17 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>