More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0809 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
303 aa  622  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  43.13 
 
 
328 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  44.27 
 
 
318 aa  205  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  42.37 
 
 
318 aa  196  5e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
291 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  40.39 
 
 
291 aa  166  6e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
286 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  39.33 
 
 
380 aa  154  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  41.47 
 
 
321 aa  152  6e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  36.59 
 
 
307 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  38.95 
 
 
313 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  41.6 
 
 
299 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  37.55 
 
 
341 aa  148  1e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  37.4 
 
 
359 aa  147  2e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  37.97 
 
 
330 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  34.88 
 
 
328 aa  145  7e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  34.88 
 
 
328 aa  145  7e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  36.03 
 
 
347 aa  145  8e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  37.22 
 
 
343 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  51.56 
 
 
363 aa  130  2e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  51.56 
 
 
363 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  51.59 
 
 
340 aa  129  7e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  50.37 
 
 
340 aa  129  9e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 
246 aa  127  2e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  48.89 
 
 
340 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  34.77 
 
 
318 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  40.43 
 
 
262 aa  109  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  57.02 
 
 
264 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  50.82 
 
 
239 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  46.03 
 
 
278 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  45.13 
 
 
318 aa  94.7  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  36.17 
 
 
1160 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  41.03 
 
 
438 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  39.46 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  40.74 
 
 
362 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  36.72 
 
 
242 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  39.83 
 
 
291 aa  87.8  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  43.97 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  39.67 
 
 
235 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.88 
 
 
283 aa  87.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  44.96 
 
 
276 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  38.02 
 
 
280 aa  85.5  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67564e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  39.53 
 
 
362 aa  85.1  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  37.8 
 
 
305 aa  85.5  1e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  40.15 
 
 
202 aa  85.1  1e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  37.8 
 
 
273 aa  84.3  2e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  46.09 
 
 
244 aa  84.3  2e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  46.55 
 
 
217 aa  84.7  2e-15  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  38.14 
 
 
202 aa  84  3e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
211 aa  83.2  4e-15  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  36.51 
 
 
215 aa  82.4  9e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  42.28 
 
 
233 aa  81.6  1e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  39.66 
 
 
207 aa  82  1e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 
281 aa  80.9  2e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.00876e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  42.24 
 
 
247 aa  80.9  3e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  43.36 
 
 
215 aa  80.5  3e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  38.84 
 
 
196 aa  80.9  3e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  36.97 
 
 
199 aa  80.5  3e-14  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  42.48 
 
 
329 aa  80.1  4e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  44.44 
 
 
325 aa  80.1  4e-14  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  41.74 
 
 
245 aa  80.1  4e-14  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  36.09 
 
 
228 aa  80.5  4e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 
368 aa  79.7  5e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  32.83 
 
 
354 aa  79.7  6e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  38.24 
 
 
191 aa  79.3  7e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  38.4 
 
 
204 aa  78.6  1e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  33.6 
 
 
442 aa  78.2  2e-13  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  39.32 
 
 
237 aa  78.2  2e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  38.58 
 
 
204 aa  77.8  2e-13  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  38.58 
 
 
204 aa  77.8  2e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  36.75 
 
 
241 aa  77.4  3e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  33.91 
 
 
191 aa  77.4  3e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  36.62 
 
 
218 aa  77  3e-13  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.32 
 
 
239 aa  77.4  3e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  39.32 
 
 
239 aa  77.4  3e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  45.67 
 
 
448 aa  77  3e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  39.32 
 
 
239 aa  77  4e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  39.32 
 
 
239 aa  77  4e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  38.81 
 
 
218 aa  77  4e-13  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  35.6 
 
 
189 aa  76.6  4e-13  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
251 aa  76.6  5e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  39.66 
 
 
299 aa  76.6  5e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
251 aa  76.6  5e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  39.17 
 
 
300 aa  76.3  6e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
251 aa  76.3  6e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  36.21 
 
 
217 aa  75.9  9e-13  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 
297 aa  75.1  1e-12  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  43.59 
 
 
384 aa  75.5  1e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.17 
 
 
214 aa  75.5  1e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  33.97 
 
 
174 aa  75.5  1e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  43.59 
 
 
384 aa  75.5  1e-12  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  38.46 
 
 
297 aa  75.1  1e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  37.93 
 
 
194 aa  75.1  2e-12  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  35.25 
 
 
200 aa  75.1  2e-12  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 
206 aa  74.3  3e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8293  NLP/P60 protein  42.98 
 
 
374 aa  73.9  3e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.611397  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  33.89 
 
 
195 aa  73.9  3e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2691  lytic transglycosylase, catalytic  35.42 
 
 
798 aa  73.6  4e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.463338  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  42.45 
 
 
199 aa  73.2  5e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 
245 aa  73.2  5e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>