More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0799 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
341 aa  694  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  87.46 
 
 
379 aa  583  1e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  88.33 
 
 
318 aa  574  1e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  87.42 
 
 
318 aa  569  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  87.42 
 
 
318 aa  569  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  86.08 
 
 
320 aa  555  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  84.28 
 
 
318 aa  540  1e-152  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  59.38 
 
 
323 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  58.75 
 
 
324 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  57.1 
 
 
327 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  57.59 
 
 
325 aa  364  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  56.35 
 
 
324 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  56.35 
 
 
324 aa  362  5e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  56.35 
 
 
324 aa  362  5e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  56.35 
 
 
325 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  57.05 
 
 
323 aa  360  3e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  55.86 
 
 
325 aa  352  5e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  53.21 
 
 
320 aa  315  6e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  49.38 
 
 
316 aa  275  6e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  49.5 
 
 
310 aa  275  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  42.81 
 
 
303 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  42.02 
 
 
331 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  41.18 
 
 
316 aa  234  2e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  38.48 
 
 
363 aa  219  5e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  40.2 
 
 
303 aa  217  2e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  41.28 
 
 
282 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  39.75 
 
 
346 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  38.39 
 
 
371 aa  215  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  38.71 
 
 
349 aa  214  2e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  42.67 
 
 
313 aa  213  4e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  37.13 
 
 
355 aa  213  4e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  42.11 
 
 
304 aa  211  1e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  37.24 
 
 
350 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  40.13 
 
 
351 aa  210  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  40.98 
 
 
318 aa  209  4e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  40.79 
 
 
321 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  40.66 
 
 
318 aa  208  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  37.83 
 
 
349 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  40.94 
 
 
312 aa  207  3e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  40.33 
 
 
317 aa  206  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  41.45 
 
 
316 aa  205  7e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4390  HpcH/HpaI aldolase  36.81 
 
 
349 aa  205  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.345408  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  42.67 
 
 
312 aa  203  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4285  HpcH/HpaI aldolase  36.23 
 
 
349 aa  202  8e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0181473  normal  0.111861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3917  HpcH/HpaI aldolase  36.23 
 
 
349 aa  202  8e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.243397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  40.26 
 
 
336 aa  202  9e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  40.26 
 
 
327 aa  201  1e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  41.64 
 
 
321 aa  201  1e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  40.26 
 
 
327 aa  201  1e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  41.67 
 
 
313 aa  202  1e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  40.4 
 
 
338 aa  201  2e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  41 
 
 
315 aa  196  6e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  41.18 
 
 
319 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  37.81 
 
 
349 aa  193  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0912  HpcH/HpaI aldolase  34.88 
 
 
347 aa  189  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  37.75 
 
 
318 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  37.17 
 
 
319 aa  186  4e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1328  HpcH/HpaI aldolase  33.91 
 
 
350 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  hitchhiker  0.00231317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4173  HpcH/HpaI aldolase  34.59 
 
 
347 aa  186  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  39.07 
 
 
318 aa  185  1e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0341  citryl-CoA lyase  38.87 
 
 
318 aa  185  1e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.5619  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  36.12 
 
 
301 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  37.98 
 
 
301 aa  162  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  37.34 
 
 
285 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  32.67 
 
 
289 aa  159  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  37.01 
 
 
285 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  36.16 
 
 
285 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  31.88 
 
 
269 aa  154  2e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  34.64 
 
 
290 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.43 
 
 
280 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.43 
 
 
280 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.43 
 
 
280 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.43 
 
 
280 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  34.55 
 
 
292 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  33.77 
 
 
286 aa  151  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  30.72 
 
 
294 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.33 
 
 
280 aa  150  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35 
 
 
280 aa  148  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  35 
 
 
280 aa  148  1e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  32.9 
 
 
293 aa  146  5e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  34.8 
 
 
292 aa  146  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  30.94 
 
 
296 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  31.95 
 
 
304 aa  144  2e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  31.58 
 
 
282 aa  143  5e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  31.92 
 
 
313 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  34.97 
 
 
271 aa  143  5e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  32.88 
 
 
292 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  31.8 
 
 
292 aa  142  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  31.8 
 
 
292 aa  142  1e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  33.22 
 
 
292 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  31.58 
 
 
287 aa  140  4e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  33.67 
 
 
274 aa  139  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  35.17 
 
 
279 aa  139  9e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  34.9 
 
 
286 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  31.52 
 
 
406 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  33.11 
 
 
283 aa  135  1e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  32 
 
 
295 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3040  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  34.32 
 
 
301 aa  132  7e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0968  putative citrate lyase, beta subunit  34.32 
 
 
301 aa  132  8e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.283546  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1254  putative citrate lyase, beta subunit  34.32 
 
 
301 aa  132  8e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>