More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0774 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
177 aa  353  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  83.62 
 
 
177 aa  307  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  83.62 
 
 
177 aa  307  5e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  83.05 
 
 
177 aa  305  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 
177 aa  290  7e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  76.84 
 
 
177 aa  287  5.0000000000000004e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  74.58 
 
 
177 aa  283  5.999999999999999e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 
177 aa  241  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  235  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  233  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  231  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  231  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  230  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  230  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  230  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  228  4e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  226  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  225  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  225  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  225  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
177 aa  225  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  223  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  223  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  221  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  222  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  221  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  221  6e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  220  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  218  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 
177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  59.32 
 
 
177 aa  216  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  216  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  203  8e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  57.06 
 
 
177 aa  202  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  201  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  198  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  197  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  192  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  191  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  189  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  51.41 
 
 
177 aa  189  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  189  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  54.8 
 
 
176 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 
177 aa  187  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1559  ribosomal protein L6  53.41 
 
 
179 aa  187  7e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000979408  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  53.71 
 
 
179 aa  187  8e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  51.41 
 
 
175 aa  187  8e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  187  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  49.71 
 
 
178 aa  186  2e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000282439  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  53.71 
 
 
181 aa  185  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  0.00000113192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  185  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 
178 aa  184  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
174 aa  184  8e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
174 aa  184  8e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
176 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  53.14 
 
 
178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10733  50S ribosomal protein L6  51.14 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0858871  normal  0.777005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 
177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 
177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  49.43 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
176 aa  181  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
177 aa  182  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2699  50S ribosomal protein L6  51.7 
 
 
179 aa  181  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2384  50S ribosomal protein L6  51.7 
 
 
179 aa  181  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3509  ribosomal protein L6  50.85 
 
 
177 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000396017  hitchhiker  0.00000010719 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 
179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000776648  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 
177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  50.86 
 
 
178 aa  180  7e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  52.78 
 
 
176 aa  180  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0304  50S ribosomal protein L6  50.86 
 
 
179 aa  180  8.000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.361286  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3717  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 
179 aa  179  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27601  Plastid ribosomal protein L6 large ribosomal subunit  51.43 
 
 
213 aa  179  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.935341  normal  0.110543 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  50 
 
 
178 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5139  ribosomal protein L6  50.86 
 
 
178 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.65449 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4492  ribosomal protein L6  51.7 
 
 
179 aa  179  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  48 
 
 
179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0641  50S ribosomal protein L6  48.57 
 
 
179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000903619  hitchhiker  0.0000000381043 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl138  50S ribosomal protein L6  48.3 
 
 
180 aa  178  4e-44  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2159  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
177 aa  178  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302064  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 
177 aa  177  5.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001727  LSU ribosomal protein L6p (L9e)  50.85 
 
 
177 aa  177  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000194026  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 
177 aa  177  8e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0597  50S ribosomal protein L6  50.29 
 
 
178 aa  177  8e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>