More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0742 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  100 
 
 		 179 aa  362  2e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  78.21 
 
 		 177 aa  289  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0348  NusG antitermination factor  78.77 
 
 		 177 aa  287  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.789152  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1704  transcription antitermination protein nusG  78.77 
 
 		 177 aa  287  6e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.999252  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0334  NusG antitermination factor  78.77 
 
 		 177 aa  287  6e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0344546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2547  NusG antitermination factor  79.1 
 
 		 178 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0227  transcription antitermination protein nusG  75.71 
 
 		 177 aa  270  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0560  transcription antitermination protein nusG  74.58 
 
 		 177 aa  267  5.9999999999999995e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  57.63 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  57.06 
 
 		 176 aa  214  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  56.5 
 
 		 176 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  57.06 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  56.5 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  56.5 
 
 		 176 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  57.06 
 
 		 176 aa  211  5.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  55.93 
 
 		 176 aa  210  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  56.5 
 
 		 176 aa  209  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  55.43 
 
 		 185 aa  207  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  54.8 
 
 		 176 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  54.24 
 
 		 176 aa  205  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  55.11 
 
 		 185 aa  203  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  53.67 
 
 		 176 aa  202  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  54.49 
 
 		 177 aa  200  8e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  51.96 
 
 		 177 aa  199  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  54.49 
 
 		 177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  53.67 
 
 		 176 aa  198  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  52.54 
 
 		 176 aa  197  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  54.24 
 
 		 176 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  53.67 
 
 		 176 aa  197  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  55.37 
 
 		 176 aa  197  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  54.24 
 
 		 176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  52.51 
 
 		 177 aa  195  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  52.25 
 
 		 177 aa  194  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  52.25 
 
 		 177 aa  194  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  52.25 
 
 		 177 aa  194  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  52.54 
 
 		 176 aa  192  3e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  52.81 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  52.51 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 175 aa  185  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 175 aa  185  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  51.96 
 
 		 177 aa  184  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  51.96 
 
 		 177 aa  184  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  50.28 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  51.7 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  51.7 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  51.43 
 
 		 174 aa  181  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  52.84 
 
 		 182 aa  181  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  50.28 
 
 		 177 aa  180  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  52.25 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  52.81 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  48.59 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  51.4 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  50.28 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  51.96 
 
 		 177 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  51.96 
 
 		 177 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  50.84 
 
 		 177 aa  178  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  51.69 
 
 		 177 aa  178  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  178  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0311  NusG antitermination factor  50.28 
 
 		 177 aa  177  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  50.85 
 
 		 181 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  51.7 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  48.59 
 
 		 175 aa  177  5.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  177  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  51.41 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  51.14 
 
 		 183 aa  176  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  51.69 
 
 		 177 aa  175  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  49.72 
 
 		 183 aa  176  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  51.14 
 
 		 182 aa  175  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  51.14 
 
 		 183 aa  175  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  48.31 
 
 		 177 aa  174  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  51.14 
 
 		 183 aa  174  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>