More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0732 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
363 aa  735  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  63.71 
 
 
378 aa  451  1e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  64.39 
 
 
359 aa  454  1e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  61.69 
 
 
365 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  61.52 
 
 
363 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  60.61 
 
 
385 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  62.89 
 
 
354 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  60.89 
 
 
396 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  60.87 
 
 
359 aa  419  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  62.33 
 
 
381 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  62.39 
 
 
380 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  60 
 
 
373 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  59.17 
 
 
360 aa  405  1e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  58.59 
 
 
375 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  58.19 
 
 
373 aa  398  1e-110  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  60.77 
 
 
378 aa  392  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  61.13 
 
 
376 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  60.45 
 
 
355 aa  373  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  50.68 
 
 
371 aa  354  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  51.09 
 
 
372 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  49.86 
 
 
360 aa  347  2e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  52.27 
 
 
359 aa  347  2e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  54.12 
 
 
368 aa  345  9e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  54.47 
 
 
356 aa  340  2e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  49.87 
 
 
378 aa  337  2e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  50.44 
 
 
358 aa  337  2e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  49.87 
 
 
378 aa  337  2e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  49.16 
 
 
359 aa  335  6e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  50.14 
 
 
374 aa  331  9e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  52.05 
 
 
353 aa  323  3e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  48.6 
 
 
357 aa  322  8e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  50 
 
 
359 aa  321  1e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  52.23 
 
 
356 aa  320  2e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  50.43 
 
 
330 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  50.28 
 
 
371 aa  316  5e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  50.71 
 
 
369 aa  313  2e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  72.55 
 
 
412 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  44.17 
 
 
367 aa  293  2e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  49.71 
 
 
369 aa  293  2e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  48.82 
 
 
352 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  48.02 
 
 
481 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  46.65 
 
 
356 aa  286  4e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  44.23 
 
 
358 aa  282  5e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.35845e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  48.75 
 
 
349 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  46.39 
 
 
354 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  46.37 
 
 
354 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  43.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  47.63 
 
 
354 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  48.48 
 
 
349 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  48.77 
 
 
418 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  46.39 
 
 
354 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  50.17 
 
 
353 aa  278  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  42.36 
 
 
364 aa  278  8e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  47.65 
 
 
354 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  46.13 
 
 
353 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  45.77 
 
 
356 aa  278  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  45.77 
 
 
356 aa  278  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  46.67 
 
 
369 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  44.94 
 
 
359 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  46.26 
 
 
348 aa  275  6e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  43.84 
 
 
372 aa  276  6e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  44.66 
 
 
359 aa  274  1e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  47.15 
 
 
364 aa  275  1e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  44.61 
 
 
352 aa  275  1e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  4.29031e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  44.94 
 
 
359 aa  275  1e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  44.69 
 
 
362 aa  274  2e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  46.01 
 
 
353 aa  273  2e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  44.29 
 
 
466 aa  273  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  45.35 
 
 
359 aa  273  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  44.85 
 
 
357 aa  273  4e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  46.53 
 
 
386 aa  273  4e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  42.66 
 
 
389 aa  273  4e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  43.84 
 
 
352 aa  272  7e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  45.17 
 
 
426 aa  272  8e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  44.41 
 
 
352 aa  272  8e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  47.95 
 
 
418 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  44.57 
 
 
357 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  44.75 
 
 
355 aa  271  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  44.02 
 
 
352 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  44.02 
 
 
352 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  47.67 
 
 
418 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  42.82 
 
 
364 aa  270  2e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  45.61 
 
 
358 aa  271  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  46.93 
 
 
355 aa  270  3e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  46.32 
 
 
353 aa  270  3e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  41.38 
 
 
352 aa  270  3e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  44.64 
 
 
364 aa  270  3e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  43.9 
 
 
359 aa  270  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  45.33 
 
 
405 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  47.25 
 
 
355 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  45.82 
 
 
399 aa  269  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  45.43 
 
 
392 aa  268  9e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  47.06 
 
 
383 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  44.96 
 
 
379 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  47.06 
 
 
408 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  43.14 
 
 
360 aa  268  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  46.75 
 
 
351 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  46.75 
 
 
351 aa  267  3e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  46.75 
 
 
351 aa  267  3e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  46.75 
 
 
351 aa  266  3e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>