More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0686 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  100 
 
 
461 aa  940    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  69.21 
 
 
444 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  68.97 
 
 
444 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  68.97 
 
 
444 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  64.57 
 
 
446 aa  578  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  62.73 
 
 
441 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  62.64 
 
 
445 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  48.2 
 
 
446 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  49.1 
 
 
436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  49.54 
 
 
443 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  49.89 
 
 
450 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  48.31 
 
 
435 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  47.91 
 
 
450 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  48.2 
 
 
439 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  50.84 
 
 
443 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  49.29 
 
 
444 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  50.36 
 
 
443 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  50.12 
 
 
443 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  50.73 
 
 
450 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  48.82 
 
 
449 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  48.58 
 
 
449 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  49.05 
 
 
450 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  48.22 
 
 
435 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  49.17 
 
 
441 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  46.68 
 
 
435 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  48.92 
 
 
462 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  50.35 
 
 
439 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  47.25 
 
 
445 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  46.46 
 
 
446 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  48.32 
 
 
446 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  48.32 
 
 
446 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  47.78 
 
 
442 aa  355  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  47.79 
 
 
442 aa  352  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  46.95 
 
 
448 aa  350  4e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  42.66 
 
 
442 aa  348  8e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  44.84 
 
 
454 aa  344  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  47.83 
 
 
451 aa  338  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  46.27 
 
 
461 aa  333  3e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  41.83 
 
 
453 aa  322  8e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  41.5 
 
 
462 aa  318  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  39.3 
 
 
469 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  38.64 
 
 
450 aa  300  4e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  36.71 
 
 
420 aa  258  2e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  35.14 
 
 
415 aa  231  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  33.03 
 
 
457 aa  230  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  33.55 
 
 
436 aa  229  9e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  33.64 
 
 
426 aa  226  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  34.62 
 
 
435 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  35.63 
 
 
446 aa  222  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  32.81 
 
 
432 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  33.65 
 
 
434 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  33.09 
 
 
434 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  34.44 
 
 
403 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  33.49 
 
 
441 aa  217  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  32.71 
 
 
421 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  32.36 
 
 
427 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  33.49 
 
 
438 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  34.68 
 
 
450 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  32.53 
 
 
432 aa  212  9e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  31.67 
 
 
425 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  35.37 
 
 
443 aa  210  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  32.5 
 
 
442 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  32.88 
 
 
422 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.88 
 
 
422 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  32.65 
 
 
443 aa  209  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  34.61 
 
 
434 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  31.77 
 
 
430 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  31.98 
 
 
429 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.33 
 
 
428 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  34.37 
 
 
434 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  33.89 
 
 
434 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  32 
 
 
435 aa  207  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  32.14 
 
 
430 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  34.37 
 
 
434 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  34.36 
 
 
427 aa  206  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  32.85 
 
 
440 aa  206  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  31.21 
 
 
428 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  32.23 
 
 
430 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  31.65 
 
 
451 aa  204  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  34.29 
 
 
441 aa  203  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  31.01 
 
 
432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  32.2 
 
 
424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  31.99 
 
 
408 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  32.26 
 
 
439 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  32.13 
 
 
431 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  32.02 
 
 
439 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  34.69 
 
 
437 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  29.81 
 
 
432 aa  197  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  31.71 
 
 
437 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  32.05 
 
 
441 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  31.67 
 
 
428 aa  196  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  32.2 
 
 
421 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  32.13 
 
 
431 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.76 
 
 
430 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  30.17 
 
 
450 aa  195  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  33.62 
 
 
429 aa  194  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal 
 
 
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  32.45 
 
 
414 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  32.69 
 
 
431 aa  193  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  32.16 
 
 
431 aa  193  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  32.16 
 
 
431 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>