More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0684 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 154 aa  303  6e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  69.4 
 
 		 134 aa  191  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.46 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.43 
 
 		 137 aa  176  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.07 
 
 		 156 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  62.07 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.07 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.58 
 
 		 144 aa  146  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  52.63 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.47 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  56.2 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  56.2 
 
 		 150 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  56.2 
 
 		 150 aa  134  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  54.03 
 
 		 152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.26 
 
 		 166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  52.76 
 
 		 173 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.17 
 
 		 151 aa  125  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  52.89 
 
 		 149 aa  124  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.61 
 
 		 149 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  43.42 
 
 		 153 aa  123  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  49.18 
 
 		 152 aa  122  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  42.76 
 
 		 153 aa  120  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  42.76 
 
 		 153 aa  120  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  48.36 
 
 		 151 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  48.36 
 
 		 151 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  46.21 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  42.96 
 
 		 146 aa  117  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  47.15 
 
 		 147 aa  117  7.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.36 
 
 		 149 aa  116  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.14 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.11 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  47.55 
 
 		 156 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.59 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.59 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.34 
 
 		 148 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  45 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  47.97 
 
 		 158 aa  110  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 159 aa  110  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  46.15 
 
 		 155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  45 
 
 		 145 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  47.14 
 
 		 157 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  42.22 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  41.79 
 
 		 139 aa  106  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  41.46 
 
 		 148 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  44.53 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  44.53 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  42.28 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  41.46 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  40.31 
 
 		 155 aa  103  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  47.2 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 		 149 aa  103  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 149 aa  103  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 149 aa  103  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  45.9 
 
 		 138 aa  103  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  42.96 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  42.45 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  44.26 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  44.92 
 
 		 177 aa  101  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  44.26 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  44.26 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  41.09 
 
 		 140 aa  100  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  44.26 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  41.22 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.8 
 
 		 152 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  44.26 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  42.54 
 
 		 144 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  48.41 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  48.41 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 		 139 aa  100  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  48.41 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  48.41 
 
 		 176 aa  100  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  43.44 
 
 		 141 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  43.9 
 
 		 151 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.22 
 
 		 141 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.51 
 
 		 154 aa  99.4  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.15 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.79 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.79 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.15 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.17 
 
 		 156 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.62 
 
 		 176 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.2 
 
 		 150 aa  98.6  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 		 144 aa  98.2  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.39 
 
 		 145 aa  98.6  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>