More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0492 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
330 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  60.62 
 
 
329 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  59.2 
 
 
327 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  59.02 
 
 
328 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.72 
 
 
328 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  60.86 
 
 
327 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  58.72 
 
 
328 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.91 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.19 
 
 
389 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.48 
 
 
326 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.63 
 
 
321 aa  257  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  47.5 
 
 
389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.71 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.98 
 
 
381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.95 
 
 
328 aa  252  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  46.25 
 
 
389 aa  249  4e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.36 
 
 
336 aa  248  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.58 
 
 
321 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.25 
 
 
335 aa  247  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.23 
 
 
353 aa  246  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.77 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  47.95 
 
 
321 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.06 
 
 
321 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.26 
 
 
349 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  45.6 
 
 
325 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  42.63 
 
 
328 aa  241  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  42.63 
 
 
328 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.57 
 
 
323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.96 
 
 
328 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.17 
 
 
322 aa  236  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.14 
 
 
412 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.09 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  41.46 
 
 
340 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  46.71 
 
 
322 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
308 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.51 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.94 
 
 
307 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  37.7 
 
 
318 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.19 
 
 
312 aa  192  9e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  32.51 
 
 
320 aa  177  3e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.82 
 
 
332 aa  172  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  30.53 
 
 
316 aa  171  2e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  31.18 
 
 
320 aa  166  4e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
310 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  40.66 
 
 
312 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
320 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
318 aa  155  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
318 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
320 aa  152  7e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
321 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  30 
 
 
340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  30.89 
 
 
317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  36.04 
 
 
375 aa  144  3e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
319 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  32.21 
 
 
318 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  30.58 
 
 
317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  32.17 
 
 
319 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
319 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
318 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
314 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  31.31 
 
 
366 aa  135  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.99 
 
 
319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.1 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  32.59 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
319 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  30.3 
 
 
338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  29.19 
 
 
382 aa  126  5e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.79 
 
 
319 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.79 
 
 
319 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.79 
 
 
319 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.79 
 
 
319 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.79 
 
 
319 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.23 
 
 
316 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.19 
 
 
312 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.4 
 
 
345 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
340 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  30.52 
 
 
411 aa  124  3e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.65 
 
 
320 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  33.33 
 
 
334 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  33.75 
 
 
334 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.2 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  33.33 
 
 
334 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
301 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76018  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex 9  30.91 
 
 
386 aa  119  9e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  35.69 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
298 aa  116  6e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
302 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>