More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0470 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 224 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 217 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  35.81 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 244 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 234 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  33.48 
 
 		 240 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 239 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 280 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  33.97 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 266 aa  99.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 236 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 221 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 237 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 248 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 230 aa  92.8  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 221 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 234 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 222 aa  89.4  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  29.85 
 
 		 223 aa  88.6  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  28.84 
 
 		 224 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 219 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 219 aa  88.2  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 221 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  31.66 
 
 		 221 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 217 aa  86.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  25.11 
 
 		 228 aa  87  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 226 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 244 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 221 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.14 
 
 		 221 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  31.5 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  28.78 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  32.16 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  26.47 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 233 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>