117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0415 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  100 
 
 		 255 aa  510  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2464  hypothetical protein  39.68 
 
 		 239 aa  158  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.541836  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.19 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  32.58 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.25 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  27.09 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  26.62 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.89 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  26.48 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  33.63 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  31.78 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.8 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  33.05 
 
 		 562 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.33 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4129  putative outer membrane protein  29.03 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.894734  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  33.33 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  28.74 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.77 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  30.73 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30.42 
 
 		 566 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  31.02 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  29.27 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  31.17 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  30.45 
 
 		 454 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  29.31 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  31.19 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.28 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.29 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  28.31 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  29.8 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  28.37 
 
 		 447 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  31.05 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.46 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  28.69 
 
 		 201 aa  61.2  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  29.09 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  28.57 
 
 		 449 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  30.61 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  30.28 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.52 
 
 		 997 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  28.17 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  28.05 
 
 		 452 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  27.73 
 
 		 708 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0849  putative outer membrane protein  31.28 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  25 
 
 		 244 aa  58.5  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  28.38 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  28.88 
 
 		 570 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  30.85 
 
 		 561 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0284  putative outer membrane protein  29.38 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2139  hypothetical protein  32.12 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.811527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  27.75 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  28.31 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6718  hypothetical protein  28.31 
 
 		 550 aa  57  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  24.91 
 
 		 693 aa  57  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  28.63 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  29.74 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  32.29 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  27.84 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1376  putative outer membrane protein  32.67 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.19273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2718  outer membrane protein  32.67 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.700569  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3083  putative outer membrane protein  28.1 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.186031 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  28.84 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  26.02 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  29.79 
 
 		 207 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  28.1 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  28.7 
 
 		 559 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  29.25 
 
 		 198 aa  52.8  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  26.56 
 
 		 212 aa  52.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  28.02 
 
 		 245 aa  52.4  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  29.41 
 
 		 206 aa  52  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  29.66 
 
 		 570 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  28.31 
 
 		 235 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  35.71 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2334  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.11 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  29.39 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  25.39 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  26.98 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  27.15 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  31.94 
 
 		 241 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.04 
 
 		 692 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  25.39 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  26.05 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1955  outer membrane protein, putative  28.57 
 
 		 207 aa  50.4  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.077824  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.99 
 
 		 206 aa  50.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1437  hypothetical protein  31.78 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  27.35 
 
 		 578 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  28.74 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.06 
 
 		 207 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0345  hypothetical protein  29.65 
 
 		 206 aa  48.9  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  26.67 
 
 		 234 aa  48.9  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  28.57 
 
 		 240 aa  48.9  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.25 
 
 		 207 aa  48.5  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  26.74 
 
 		 453 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.03 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  29.24 
 
 		 212 aa  47  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  26.38 
 
 		 652 aa  46.6  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  27.85 
 
 		 724 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  29.59 
 
 		 703 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  27.81 
 
 		 241 aa  46.2  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  28.24 
 
 		 248 aa  46.2  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  31.71 
 
 		 212 aa  45.8  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>