More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0406 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0406  hypothetical protein  100 
 
 
306 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3287  protein of unknown function DUF6 transmembrane  61.25 
 
 
288 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504842  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2796  hypothetical protein  55.63 
 
 
293 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1390  DMT family permease  57.73 
 
 
293 aa  295  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.526899  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0056  hypothetical protein  57.73 
 
 
293 aa  295  7e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0122515  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2802  hypothetical protein  57.73 
 
 
305 aa  281  8.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.930073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0335  hypothetical protein  52.76 
 
 
289 aa  259  4e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.414942 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0744  hypothetical protein  32.42 
 
 
312 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.906344  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0243  hypothetical protein  33.22 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100372  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2045  hypothetical protein  33.7 
 
 
309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.710395 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.07 
 
 
294 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.481619  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0805  DMT family permease  30.25 
 
 
304 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0378246 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4483  hypothetical protein  31.51 
 
 
305 aa  99.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1240  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.9 
 
 
290 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0878  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.85 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.754226  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4196  hypothetical protein  32.13 
 
 
293 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1011  hypothetical protein  31.14 
 
 
298 aa  90.5  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0158427  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1607  hypothetical protein  28.87 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00020661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1447  hypothetical protein  28.93 
 
 
301 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23861  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1940  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0530229  hitchhiker  0.00250027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1200  hypothetical protein  30.21 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380417  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1612  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.42 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0142876  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.78 
 
 
367 aa  79  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.307574  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.96 
 
 
312 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0643  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.62 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2905  hypothetical protein  32.29 
 
 
325 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2311  hypothetical protein  28 
 
 
303 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000443541  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2766  hypothetical protein  26.01 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.393161  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1804  hypothetical protein  24.65 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363545  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  27.17 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2899  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.92 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754555  normal  0.48327 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1785  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.91 
 
 
294 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5624  hypothetical protein  25.72 
 
 
296 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353351  normal  0.158728 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.94 
 
 
340 aa  73.6  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1957  putative transmembrane protein  29.24 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4780  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.18 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.8061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3074  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.18 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.526494  normal  0.199579 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1891  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.05 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000802295  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1807  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.95 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.805576 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.19 
 
 
301 aa  70.1  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000157317  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4064  hypothetical protein  26.88 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1277  hypothetical protein  30.32 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.507228  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  26.22 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3897  hypothetical protein  29.43 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0297  hypothetical protein  23.83 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1417  hypothetical protein  27.97 
 
 
302 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  27.17 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0050  hypothetical protein  29.7 
 
 
297 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1470  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4348  hypothetical protein  30.05 
 
 
302 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.663003  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.62 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4574  hypothetical protein  28.46 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252933  hitchhiker  0.00319801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50670  hypothetical protein  26.6 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0191207 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  27.99 
 
 
294 aa  67.4  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1322  hypothetical protein  27.05 
 
 
301 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00901243  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8133  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.76 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512786  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4318  hypothetical protein  27.02 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10380  permease of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily  24.54 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000142725  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0716  hypothetical protein  26.2 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2873  hypothetical protein  27.38 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604973  normal  0.0800404 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2246  hypothetical protein  30.34 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.07 
 
 
330 aa  65.9  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5135  hypothetical protein  30.32 
 
 
297 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.382193 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1406  hypothetical protein  32 
 
 
324 aa  65.9  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.520748  normal  0.479385 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.45 
 
 
312 aa  65.1  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  28.4 
 
 
304 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2505  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.11 
 
 
307 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.017863  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3591  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 
291 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2593  hypothetical protein  29.24 
 
 
297 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688411  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.44 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0515  hypothetical protein  30.27 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1789  hypothetical protein  24.66 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000223486  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1615  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.7 
 
 
291 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2383  hypothetical protein  28.68 
 
 
299 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  23.37 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0444  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.47 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4510  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.52 
 
 
296 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  26.02 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5528  hypothetical protein  26.26 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3867  hypothetical protein  28.03 
 
 
310 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.45917  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1865  hypothetical protein  26.76 
 
 
328 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  24.31 
 
 
300 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0726  hypothetical protein  26.81 
 
 
298 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1325  hypothetical protein  28.1 
 
 
306 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0356003  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4358  hypothetical protein  28.21 
 
 
281 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2229  hypothetical protein  27.11 
 
 
307 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.547025 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3864  hypothetical protein  30.15 
 
 
297 aa  63.5  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.209657  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0709  hypothetical protein  26.81 
 
 
298 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1083  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.82 
 
 
295 aa  63.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.427238  normal  0.445197 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1999  hypothetical protein  27.66 
 
 
293 aa  63.2  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.355274  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0301  hypothetical protein  29.65 
 
 
341 aa  62.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1999  EamA family protein  23.21 
 
 
301 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.099067  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0184  integral membrane protein  28.77 
 
 
291 aa  62.8  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0996996  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2020  transporter, EamA family  22.61 
 
 
283 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000240822  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29710  hypothetical protein  27.36 
 
 
310 aa  62.4  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.299323  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0572  hypothetical protein  30.83 
 
 
324 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.638735 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  26.35 
 
 
395 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1756  drug/metabolite exporter family protein  22.18 
 
 
301 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3554  hypothetical protein  28.57 
 
 
297 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.153995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>