266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0398 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
80 aa  158  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  63.75 
 
 
80 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
80 aa  100  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.01 
 
 
86 aa  98.2  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60 
 
 
81 aa  90.9  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  57.5 
 
 
79 aa  90.1  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.94 
 
 
87 aa  89.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
84 aa  88.2  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
84 aa  88.2  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
84 aa  88.2  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.25 
 
 
79 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.25 
 
 
79 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
88 aa  86.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.56 
 
 
83 aa  84.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
84 aa  85.1  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.56 
 
 
83 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.79 
 
 
83 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.33 
 
 
113 aa  83.2  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  56.34 
 
 
97 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
83 aa  82.4  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.56 
 
 
83 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.72 
 
 
94 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.72 
 
 
94 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
85 aa  80.9  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
83 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.67 
 
 
83 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.67 
 
 
83 aa  79  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.16 
 
 
84 aa  78.2  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
82 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.7 
 
 
105 aa  77  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.17 
 
 
83 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.68 
 
 
83 aa  76.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
86 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.33 
 
 
83 aa  73.6  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.71 
 
 
93 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.17 
 
 
80 aa  72.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
88 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
88 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
122 aa  70.1  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.53 
 
 
88 aa  68.2  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.15 
 
 
76 aa  63.9  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  52.38 
 
 
76 aa  61.2  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  41.43 
 
 
77 aa  61.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.88 
 
 
76 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
82 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.94 
 
 
85 aa  59.7  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.83 
 
 
75 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.66 
 
 
86 aa  59.3  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.28 
 
 
90 aa  57.8  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12190  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
83 aa  58.2  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.36 
 
 
83 aa  57.8  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.64 
 
 
83 aa  57.4  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1614  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000644175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.15 
 
 
75 aa  57  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.94 
 
 
109 aa  57  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00814066  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.78 
 
 
68 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.03 
 
 
82 aa  55.8  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.76 
 
 
76 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.03 
 
 
82 aa  55.8  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
85 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16330  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.67 
 
 
95 aa  54.7  0.0000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2551  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.79 
 
 
72 aa  54.7  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000943979 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1903  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.9 
 
 
78 aa  54.3  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.541864  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
104 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1003  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.94 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000898352  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.66 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
112 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  35.62 
 
 
79 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1894  exonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
64 aa  52  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.24895 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.33 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1731  Exonuclease VII small subunit  46.55 
 
 
85 aa  52.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.735568  normal  0.0195932 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2836  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.37 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0182244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.37 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45 
 
 
80 aa  52  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.71 
 
 
76 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.67 
 
 
76 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1057  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.32 
 
 
75 aa  52  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.900986  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.85 
 
 
70 aa  52  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
76 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.77 
 
 
78 aa  51.6  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.6177  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.74 
 
 
78 aa  51.2  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.94 
 
 
80 aa  51.2  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.73 
 
 
80 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.02 
 
 
87 aa  50.8  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.73 
 
 
80 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.73 
 
 
80 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.94 
 
 
79 aa  50.8  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.91 
 
 
81 aa  50.8  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
87 aa  50.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.93 
 
 
79 aa  50.4  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>