More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0395 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 275 aa  553  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  68.34 
 
 		 282 aa  364  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  61.78 
 
 		 281 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  62.98 
 
 		 275 aa  325  5e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  57.89 
 
 		 276 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  57.46 
 
 		 278 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  57.3 
 
 		 278 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  53.03 
 
 		 277 aa  244  6.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  48.88 
 
 		 269 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  48.88 
 
 		 269 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  49.25 
 
 		 269 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  51.28 
 
 		 279 aa  239  4e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  49.06 
 
 		 266 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  39.7 
 
 		 267 aa  218  6e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  48.31 
 
 		 275 aa  215  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  46.99 
 
 		 280 aa  214  9e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  39.47 
 
 		 267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  44.2 
 
 		 283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  47.21 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  37.73 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  44.93 
 
 		 293 aa  202  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  44.71 
 
 		 263 aa  202  5e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  43.37 
 
 		 282 aa  201  8e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  39.71 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  42.75 
 
 		 280 aa  199  5e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  44.36 
 
 		 268 aa  198  7.999999999999999e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  47.13 
 
 		 274 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  46.84 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  44.72 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  46.4 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  40.71 
 
 		 281 aa  195  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  39.15 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 278 aa  193  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  38.46 
 
 		 274 aa  192  4e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  39.64 
 
 		 278 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 278 aa  191  9e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  36.26 
 
 		 277 aa  190  2e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 284 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 279 aa  189  5e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  39.71 
 
 		 279 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  45.22 
 
 		 277 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  40.71 
 
 		 323 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 274 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  40.67 
 
 		 276 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  42.14 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 277 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  40.81 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35.16 
 
 		 277 aa  185  6e-46  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  38.15 
 
 		 275 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  38.15 
 
 		 275 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  38.15 
 
 		 275 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  38.15 
 
 		 275 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  35.02 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  39.64 
 
 		 279 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  38.13 
 
 		 278 aa  185  9e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  41.99 
 
 		 279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  43.91 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  40.66 
 
 		 274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  44.68 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  35.16 
 
 		 277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  36.92 
 
 		 286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  35.48 
 
 		 286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  37.13 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 274 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  44.33 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  40.3 
 
 		 282 aa  181  9.000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  36.1 
 
 		 278 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>