More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0318 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  62.8 
 
 		 249 aa  260  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  62.32 
 
 		 224 aa  252  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  58.41 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  61.65 
 
 		 221 aa  245  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  56.04 
 
 		 222 aa  238  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 226 aa  236  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 226 aa  234  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  57.97 
 
 		 221 aa  230  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  50.79 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  49.54 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  47.03 
 
 		 231 aa  170  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  45.37 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 194 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  40.98 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  40.39 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 		 233 aa  128  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 236 aa  127  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 235 aa  120  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 216 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 224 aa  108  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 249 aa  92.4  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  35.05 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.72 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 222 aa  88.6  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 243 aa  81.6  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  36.2 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 265 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 226 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  26.63 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  36.48 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.56 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  26.82 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  32.3 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  28.36 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.07 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 254 aa  71.6  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 245 aa  71.6  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  33.12 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>