48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0252 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0252  transposase (class I)  100 
 
 
83 aa  176  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  79.71 
 
 
319 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  79.71 
 
 
319 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  79.71 
 
 
319 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  79.71 
 
 
319 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3472  hypothetical protein  79.71 
 
 
170 aa  120  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.119399 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  71.62 
 
 
327 aa  120  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
316 aa  120  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2839  integrase, catalytic region  76.81 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.489873  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  76.47 
 
 
316 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  75.36 
 
 
321 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  69.57 
 
 
355 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  69.57 
 
 
330 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  69.57 
 
 
348 aa  105  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  69.57 
 
 
330 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  69.12 
 
 
330 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  69.12 
 
 
330 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  69.12 
 
 
330 aa  103  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  60.29 
 
 
463 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  60.61 
 
 
277 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  52.05 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0443  integrase, catalytic region  54.55 
 
 
83 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.818125 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  52 
 
 
316 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  52 
 
 
316 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  52 
 
 
316 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  52 
 
 
316 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5325  hypothetical protein  74.47 
 
 
197 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.969651  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  50.67 
 
 
316 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  50.67 
 
 
316 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1101  putative transposase  75 
 
 
53 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.32913 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  45.45 
 
 
321 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3549  integrase catalytic region  43.42 
 
 
216 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  46.38 
 
 
320 aa  64.3  0.0000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3767  hypothetical protein  57.41 
 
 
128 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1128  integrase catalytic subunit  38.57 
 
 
280 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  68.42 
 
 
329 aa  57  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  68.42 
 
 
329 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  68.42 
 
 
286 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  68.42 
 
 
329 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  48.98 
 
 
314 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  43.86 
 
 
314 aa  51.6  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33450  integrase, catalytic core  40.43 
 
 
185 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>