More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0105 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  62.02 
 
 		 565 aa  653    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  100 
 
 		 549 aa  1117    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  59.04 
 
 		 562 aa  623  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  53.8 
 
 		 578 aa  548  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  53.8 
 
 		 601 aa  548  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  52 
 
 		 597 aa  528  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  52 
 
 		 578 aa  522  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  49.56 
 
 		 569 aa  517  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  51.8 
 
 		 576 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  49 
 
 		 551 aa  508  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  48.72 
 
 		 662 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  50.66 
 
 		 549 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  49.91 
 
 		 552 aa  500  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  48.96 
 
 		 584 aa  488  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  50.57 
 
 		 564 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  49.11 
 
 		 558 aa  467  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  67.69 
 
 		 336 aa  448  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  39.71 
 
 		 537 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  38.75 
 
 		 541 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  73.57 
 
 		 251 aa  340  2.9999999999999998e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  36.73 
 
 		 540 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  38.98 
 
 		 558 aa  329  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  37.82 
 
 		 539 aa  326  7e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  37.85 
 
 		 542 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  37.48 
 
 		 542 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  37.99 
 
 		 546 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0834  recombinase  60.93 
 
 		 277 aa  281  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.315619  hitchhiker  0.000339857 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  34.21 
 
 		 564 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37130  Recombinase  36.35 
 
 		 520 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  31 
 
 		 532 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4799  recombinase  33.33 
 
 		 564 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284934  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  29.37 
 
 		 506 aa  179  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  31.67 
 
 		 626 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5404  Recombinase  27.39 
 
 		 738 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  24.62 
 
 		 494 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  27.11 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  25.98 
 
 		 546 aa  117  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  25.61 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  25.88 
 
 		 517 aa  114  3e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  28.8 
 
 		 482 aa  113  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  27.27 
 
 		 515 aa  113  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  25 
 
 		 479 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  24.9 
 
 		 510 aa  109  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0980  Resolvase domain  26.31 
 
 		 707 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0578275 
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  27.81 
 
 		 542 aa  107  4e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  27.81 
 
 		 554 aa  107  4e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  26.22 
 
 		 548 aa  107  6e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  23.74 
 
 		 515 aa  107  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  25.29 
 
 		 487 aa  106  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  25.05 
 
 		 462 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  24.79 
 
 		 496 aa  103  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  26.18 
 
 		 561 aa  103  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  27.08 
 
 		 707 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  26.81 
 
 		 515 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  25.69 
 
 		 516 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  25.53 
 
 		 516 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  25.96 
 
 		 547 aa  99  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5403  Resolvase domain  29.41 
 
 		 279 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0521163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  28.77 
 
 		 465 aa  97.4  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  24.05 
 
 		 563 aa  95.9  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  24.52 
 
 		 488 aa  95.9  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2604  resolvase family site-specific recombinase  25.18 
 
 		 552 aa  95.1  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0107725  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3109  Recombinase  30.03 
 
 		 497 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.183661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  28.2 
 
 		 862 aa  94.7  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  25.41 
 
 		 539 aa  94  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3389  hypothetical protein  31.51 
 
 		 297 aa  93.6  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  24.9 
 
 		 535 aa  92.8  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  22.35 
 
 		 542 aa  91.7  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  22.35 
 
 		 542 aa  91.7  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  26.2 
 
 		 429 aa  91.3  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  30.68 
 
 		 252 aa  91.3  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  26.95 
 
 		 415 aa  91.3  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  22.12 
 
 		 542 aa  90.9  6e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  25.44 
 
 		 606 aa  90.9  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  25.44 
 
 		 606 aa  90.9  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  26.45 
 
 		 522 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  25.16 
 
 		 524 aa  88.6  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  26.84 
 
 		 442 aa  88.2  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  26.97 
 
 		 519 aa  87.4  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1466  putative recombinase  29.75 
 
 		 568 aa  87.4  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1541  recombinase  31.78 
 
 		 414 aa  87  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.343961  normal  0.0432678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2729  Resolvase domain protein  23.11 
 
 		 535 aa  86.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0102  resolvase domain-containing protein  23.32 
 
 		 537 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218605 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  28.34 
 
 		 484 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  27.75 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4807  recombinase  30.67 
 
 		 519 aa  84.7  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  28.07 
 
 		 484 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2236  Recombinase  27.56 
 
 		 430 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000237941 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  28.33 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  27.89 
 
 		 526 aa  84  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2606  resolvase family site-specific recombinase  24.18 
 
 		 534 aa  83.6  0.000000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  25.58 
 
 		 522 aa  82.8  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1192  putative recombinase  27.61 
 
 		 521 aa  82.8  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0189  putative recombinase  27.61 
 
 		 521 aa  82.8  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.113456 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  26.74 
 
 		 546 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  25.88 
 
 		 551 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2721  recombinase  26.33 
 
 		 500 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.79843 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  25.42 
 
 		 517 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1112  hypothetical protein  48.35 
 
 		 170 aa  81.3  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2731  Resolvase domain protein  26.82 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>