More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0100 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  75.55 
 
 		 985 aa  1423    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  61.86 
 
 		 952 aa  1136    Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  66.21 
 
 		 814 aa  929    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  76 
 
 		 982 aa  1439    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  68.84 
 
 		 1000 aa  1281    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  68.84 
 
 		 1000 aa  1281    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  77 
 
 		 1034 aa  1495    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  74.33 
 
 		 1034 aa  1402    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  76.14 
 
 		 998 aa  1480    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  48.28 
 
 		 1025 aa  831    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  73.77 
 
 		 1006 aa  1390    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  62.58 
 
 		 952 aa  1151    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  75.93 
 
 		 1039 aa  1483    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  59.07 
 
 		 974 aa  1094    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  77.74 
 
 		 976 aa  1476    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  100 
 
 		 998 aa  2002    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  77.74 
 
 		 976 aa  1476    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  77.25 
 
 		 968 aa  1444    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  78.07 
 
 		 447 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  40.48 
 
 		 1102 aa  538  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  40.35 
 
 		 1102 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  40.02 
 
 		 1107 aa  536  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  39.62 
 
 		 1100 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  39.72 
 
 		 1107 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  38.68 
 
 		 1123 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  39.53 
 
 		 1100 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.06 
 
 		 1102 aa  503  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.9 
 
 		 1105 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.55 
 
 		 1098 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  42.5 
 
 		 1245 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.28 
 
 		 1095 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.18 
 
 		 1098 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39 
 
 		 1356 aa  472  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  39.29 
 
 		 1557 aa  460  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.86 
 
 		 1536 aa  456  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.82 
 
 		 1538 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.68 
 
 		 1534 aa  432  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  32.78 
 
 		 881 aa  401  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  32.18 
 
 		 879 aa  389  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  34.28 
 
 		 1168 aa  351  3e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  78.73 
 
 		 267 aa  347  8e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.14 
 
 		 907 aa  295  4e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  41.14 
 
 		 1093 aa  266  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  47.23 
 
 		 719 aa  202  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.29 
 
 		 918 aa  196  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  39.15 
 
 		 730 aa  189  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  41.55 
 
 		 726 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  36.54 
 
 		 544 aa  179  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  35.36 
 
 		 379 aa  167  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  42.93 
 
 		 465 aa  166  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  44.72 
 
 		 361 aa  165  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  42.32 
 
 		 498 aa  162  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  43 
 
 		 501 aa  157  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  42 
 
 		 506 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  33.71 
 
 		 673 aa  152  4e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  32.24 
 
 		 981 aa  144  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  40.42 
 
 		 498 aa  142  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.62 
 
 		 1184 aa  133  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.77 
 
 		 1174 aa  134  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.51 
 
 		 1176 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.26 
 
 		 1481 aa  129  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.86 
 
 		 1797 aa  129  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  36.51 
 
 		 766 aa  126  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  32.29 
 
 		 1175 aa  124  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.76 
 
 		 1549 aa  122  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  29.88 
 
 		 1683 aa  122  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  27.34 
 
 		 1189 aa  120  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.19 
 
 		 1836 aa  118  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  34.55 
 
 		 407 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.75 
 
 		 1967 aa  117  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.86 
 
 		 1980 aa  115  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.94 
 
 		 1231 aa  113  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.39 
 
 		 1170 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  29.35 
 
 		 1681 aa  111  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.68 
 
 		 1523 aa  110  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.68 
 
 		 1523 aa  110  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.75 
 
 		 1976 aa  109  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  28.44 
 
 		 1699 aa  107  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.51 
 
 		 929 aa  105  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.97 
 
 		 1665 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  23.46 
 
 		 710 aa  102  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.82 
 
 		 721 aa  102  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.45 
 
 		 961 aa  98.6  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  33.14 
 
 		 310 aa  98.2  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  28.45 
 
 		 717 aa  98.2  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  28.45 
 
 		 717 aa  98.2  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  28.45 
 
 		 717 aa  98.2  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  28.82 
 
 		 1955 aa  97.4  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  26.61 
 
 		 919 aa  97.4  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  23.98 
 
 		 1112 aa  97.1  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.81 
 
 		 926 aa  96.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.82 
 
 		 637 aa  97.1  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.93 
 
 		 1623 aa  95.9  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.57 
 
 		 870 aa  95.9  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  25.99 
 
 		 1486 aa  95.1  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  30.91 
 
 		 1952 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_004253  pDOJH10S_p2  Mob  28.86 
 
 		 492 aa  91.3  8e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  36.6 
 
 		 467 aa  89.4  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.79 
 
 		 733 aa  89  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  28.47 
 
 		 872 aa  88.6  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>