More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0079 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0079  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2746  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396444  normal  0.898138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  36.09 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1083  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 233 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2943  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 232 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.723084  normal  0.121071 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  32.31 
 
 		 252 aa  126  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0872  DNA-binding response regulator  35.22 
 
 		 244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.359732  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1669  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.501573  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0602  DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  33.91 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1561  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  33.19 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1512  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3825  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.862228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  33.19 
 
 		 239 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  33.62 
 
 		 238 aa  122  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  32.76 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  33.19 
 
 		 235 aa  120  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  32.91 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  33.76 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  33.9 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  33.19 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1927  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0440711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  32.76 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  33.05 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 270 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 230 aa  118  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 236 aa  118  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  33.33 
 
 		 238 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  33.33 
 
 		 238 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  33.48 
 
 		 238 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.02 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2350  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.21 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.275786  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 230 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.02 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 238 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  34.78 
 
 		 230 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.02 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.02 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  34.62 
 
 		 243 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  35.37 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  35.22 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  34.06 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  32.19 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  33.76 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 242 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  32.19 
 
 		 238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  32.62 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.47 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  34.33 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1195  two-component response regulator  32.05 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  33.62 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.33 
 
 		 236 aa  115  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.62 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.62 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 238 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  33.62 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  32.5 
 
 		 236 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.62 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.62 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  32.31 
 
 		 235 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  33.62 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.96 
 
 		 218 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>