More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0050 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  100 
 
 		 326 aa  631  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  82.15 
 
 		 329 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  79.69 
 
 		 328 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  78.83 
 
 		 329 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  83.08 
 
 		 329 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  83.08 
 
 		 329 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  75.38 
 
 		 328 aa  478  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  55.49 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.8 
 
 		 310 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  54.23 
 
 		 309 aa  308  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  55.15 
 
 		 304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  54.91 
 
 		 293 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  54.91 
 
 		 293 aa  302  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  53.29 
 
 		 309 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  55.49 
 
 		 309 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  52.25 
 
 		 304 aa  298  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  55.8 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 309 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  53.99 
 
 		 293 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.99 
 
 		 293 aa  292  6e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  52.7 
 
 		 304 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  55.17 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  56.74 
 
 		 309 aa  282  5.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.61 
 
 		 296 aa  281  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.78 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  55.49 
 
 		 309 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  50.93 
 
 		 293 aa  279  6e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  54.04 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  52.04 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  49.84 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  50.62 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  50.62 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  51.72 
 
 		 293 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  50.47 
 
 		 297 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  52.35 
 
 		 293 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  52.01 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  39.75 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.75 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  30.09 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.09 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.44 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 294 aa  123  5e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.13 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.09 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  27.78 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.78 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 304 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.47 
 
 		 316 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.37 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  28.13 
 
 		 338 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.54 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.67 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  27.83 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  27.83 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  27.83 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.35 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 309 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  28.97 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  30.22 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  29 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.88 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  26.61 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  28.18 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  30 
 
 		 304 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  26.23 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  26.23 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  27.58 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  26.23 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  26.23 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>