More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0047 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 626 aa  1253    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.928233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.75 
 
 		 640 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2280  PAS sensor hybrid histidine kinase  59.43 
 
 		 640 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0955  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.59 
 
 		 640 aa  620  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.872977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.45 
 
 		 634 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4013  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.39 
 
 		 636 aa  590  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  34.19 
 
 		 673 aa  325  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 		 676 aa  298  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3281  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 680 aa  292  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 		 714 aa  288  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3589  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 652 aa  264  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 		 642 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.08 
 
 		 845 aa  177  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.42 
 
 		 689 aa  174  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.75 
 
 		 642 aa  172  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.45 
 
 		 1322 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.58 
 
 		 845 aa  167  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.78 
 
 		 1279 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4260  sensor histidine kinase/response regulator  32.79 
 
 		 669 aa  166  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.4 
 
 		 827 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 1165 aa  163  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  30.49 
 
 		 858 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.05 
 
 		 1415 aa  160  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 		 762 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 		 795 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  27.81 
 
 		 646 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.22 
 
 		 637 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.95 
 
 		 1067 aa  157  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.44 
 
 		 822 aa  156  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.32 
 
 		 851 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  28.32 
 
 		 851 aa  155  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  28.12 
 
 		 851 aa  155  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 1646 aa  154  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 		 688 aa  153  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 		 1036 aa  153  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  29.17 
 
 		 646 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.11 
 
 		 673 aa  153  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 		 821 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.22 
 
 		 1651 aa  153  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 		 999 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  30.84 
 
 		 1164 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 		 1631 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 		 951 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.75 
 
 		 660 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 1164 aa  151  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 		 943 aa  151  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.79 
 
 		 653 aa  150  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  33.6 
 
 		 756 aa  150  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2725  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 		 834 aa  150  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0569323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  32.54 
 
 		 416 aa  150  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 		 651 aa  150  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 		 691 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.04 
 
 		 677 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 		 957 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 		 913 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.13 
 
 		 864 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 		 927 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 628 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 806 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 		 688 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 		 936 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 		 810 aa  147  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 		 696 aa  147  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.25 
 
 		 727 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1089 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 		 1381 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 551 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.65 
 
 		 688 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 688 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 712 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  33.51 
 
 		 691 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  26.02 
 
 		 793 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  31.24 
 
 		 544 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 		 720 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.8 
 
 		 662 aa  145  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 		 702 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.77 
 
 		 673 aa  145  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 		 650 aa  144  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 		 1426 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 1050 aa  144  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  29.65 
 
 		 695 aa  144  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1028  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.79 
 
 		 870 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 		 703 aa  144  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 699 aa  144  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.15 
 
 		 845 aa  144  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 		 812 aa  144  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 		 639 aa  144  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  33.22 
 
 		 490 aa  144  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  31.79 
 
 		 529 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 998 aa  143  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  27.61 
 
 		 1015 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  33.51 
 
 		 691 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  31.45 
 
 		 622 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 622 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.22 
 
 		 1105 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.74 
 
 		 941 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 758 aa  143  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  28.64 
 
 		 695 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 		 741 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 		 688 aa  141  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0500187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>