27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0021 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0021  hypothetical protein  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1944  hypothetical protein  64.38 
 
 
176 aa  208  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388193  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  63.7 
 
 
176 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  63.7 
 
 
176 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3942  putative cytochrome c protein  60.14 
 
 
175 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104356  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0477  cytochrome c protein  55.56 
 
 
181 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5969  putative cytochrome c protein  55.94 
 
 
159 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  55 
 
 
203 aa  169  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  53.15 
 
 
182 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  52.99 
 
 
175 aa  165  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  50.71 
 
 
203 aa  158  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5978  hypothetical protein  45.45 
 
 
203 aa  158  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1810  hypothetical protein  53.96 
 
 
207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.553149  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2146  hypothetical protein  53.96 
 
 
199 aa  152  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1762  hypothetical protein  53.24 
 
 
199 aa  148  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.547533  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  52.11 
 
 
189 aa  148  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  44.76 
 
 
171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  41.13 
 
 
165 aa  87  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5313  hypothetical protein  43.93 
 
 
137 aa  85.1  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  36.46 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  36.04 
 
 
134 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  32.14 
 
 
157 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  32.11 
 
 
127 aa  58.5  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  33.98 
 
 
199 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  29.82 
 
 
249 aa  47  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  28.97 
 
 
148 aa  45.8  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0172  hypothetical protein  28.57 
 
 
178 aa  44.3  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>