More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0008 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0008  GrpE protein  100 
 
 
179 aa  359  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1219  putative chaperone protein GrpE (heat shock protein)  71.6 
 
 
189 aa  238  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2880  Fis family transcriptional regulator  69.36 
 
 
186 aa  236  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2656  GrpE protein  69.94 
 
 
186 aa  234  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23931  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2874  GrpE protein  73.38 
 
 
187 aa  231  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.423884 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0208  GrpE protein  69.28 
 
 
188 aa  217  7.999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  68.55 
 
 
197 aa  214  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3578  GrpE protein  51.01 
 
 
213 aa  151  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534048  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46 
 
 
202 aa  137  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.7 
 
 
202 aa  137  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  49.01 
 
 
206 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.1 
 
 
217 aa  134  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0415  GrpE protein  45.89 
 
 
202 aa  134  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  49.67 
 
 
206 aa  134  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.14 
 
 
204 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  48.34 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  50.34 
 
 
203 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1146  GrpE protein  40.33 
 
 
226 aa  132  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  49.04 
 
 
205 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  48.98 
 
 
197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  46 
 
 
204 aa  128  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  47.02 
 
 
206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  44.08 
 
 
210 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  42.07 
 
 
210 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  44.97 
 
 
222 aa  124  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0337  GrpE protein  37.89 
 
 
201 aa  123  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387309  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  42.13 
 
 
187 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2184  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.7 
 
 
207 aa  123  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0403299  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  43.59 
 
 
208 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1253  GrpE protein  41.76 
 
 
181 aa  121  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.329053 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  43.71 
 
 
228 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1381  heat shock protein GrpE  42.45 
 
 
208 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00117514  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1442  heat shock protein GrpE  42.45 
 
 
204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.105191  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1857  GrpE protein  44.6 
 
 
185 aa  119  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7788  putative heat shock protein (HSP-70 cofactor), grpE  40.57 
 
 
181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0272135  normal  0.30698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0165  heat shock protein GrpE  41.4 
 
 
205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261628  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3004  GrpE protein  44.67 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  42.38 
 
 
230 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  43.14 
 
 
193 aa  114  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  41.72 
 
 
230 aa  114  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  37.88 
 
 
204 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2924  GrpE protein  38.82 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0401  GrpE protein  39.11 
 
 
178 aa  112  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.465525 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0252  GrpE protein  48.57 
 
 
181 aa  111  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2059  GrpE protein  41.07 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  39.47 
 
 
209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000976111  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  40.79 
 
 
201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000957049  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1334  heat shock protein GrpE  42.76 
 
 
222 aa  109  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1599  heat shock protein GrpE  40.94 
 
 
171 aa  108  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.388628  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4484  GrpE protein  43.48 
 
 
244 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  39.62 
 
 
194 aa  107  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000056941  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0612  co-chaperone GrpE  40.12 
 
 
198 aa  107  9.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3095  GrpE protein  39.88 
 
 
210 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3533  heat shock protein GrpE  39.26 
 
 
189 aa  106  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00974284  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1669  GrpE protein  42.65 
 
 
198 aa  105  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.924604  decreased coverage  0.00844873 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  41.73 
 
 
199 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3684  heat shock protein GrpE  40.65 
 
 
190 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  41.01 
 
 
199 aa  104  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  38.22 
 
 
201 aa  104  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103997  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0069  GrpE protein  37.8 
 
 
217 aa  104  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311586  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0936  heat shock protein GrpE  39.08 
 
 
169 aa  104  8e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0941203  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2473  protein GrpE (heat shock protein)  39.44 
 
 
194 aa  103  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1713  heat shock protein GrpE  38.16 
 
 
179 aa  104  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.385192  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1485  heat shock protein GrpE  38.15 
 
 
182 aa  104  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1770  heat shock protein GrpE  37.04 
 
 
184 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2045  co-chaperone GrpE  38.26 
 
 
180 aa  103  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00817363  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1477  GrpE protein  41.73 
 
 
240 aa  103  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
209 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000435816  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  39.29 
 
 
200 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000045112  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3625  heat shock protein GrpE  36.02 
 
 
189 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42288  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3363  GrpE protein  37.09 
 
 
245 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00347236  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2570  heat shock protein GrpE  36.87 
 
 
178 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  40.65 
 
 
193 aa  102  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2666  co-chaperone GrpE  40.85 
 
 
171 aa  103  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.832748  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2292  GrpE protein  40.85 
 
 
171 aa  103  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0174464 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1025  heat shock protein GrpE  40.49 
 
 
194 aa  102  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0150  co-chaperone GrpE  36.63 
 
 
179 aa  102  4e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0073017  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0762  heat shock protein GrpE  33.9 
 
 
189 aa  101  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0546948  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0108  heat shock protein nucleotide exchange factor GrpE  37.86 
 
 
198 aa  101  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000378149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 
206 aa  101  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000125429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62990  heat shock protein GrpE  34.48 
 
 
186 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142705  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0965  heat shock protein GrpE  40.27 
 
 
195 aa  101  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0849  heat shock protein GrpE  34.86 
 
 
175 aa  101  7e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0980  heat shock protein GrpE  39.22 
 
 
181 aa  101  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5230  heat shock protein GrpE  39.33 
 
 
181 aa  100  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0032  heat shock protein GrpE  36.96 
 
 
200 aa  100  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0730  heat shock protein GrpE  40.27 
 
 
195 aa  100  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3217  heat shock protein GrpE  36.87 
 
 
178 aa  100  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1227  heat shock protein GrpE  39.61 
 
 
189 aa  100  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.830838  hitchhiker  0.00575896 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  39.16 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5482  heat shock protein GrpE  37.14 
 
 
189 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.601194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  38.82 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000163417  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0774  heat shock protein GrpE  34.88 
 
 
176 aa  100  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.142311  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  38.82 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000827789  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15032  predicted protein  38.56 
 
 
157 aa  100  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.189878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  38.82 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000767299  decreased coverage  0.0000000711999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  38.82 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000798826  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  39.16 
 
 
206 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000775754  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  39.16 
 
 
203 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000369534  normal  0.883865 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>