More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcryo_2462 on replicon NC_007969
Organism: Psychrobacter cryohalolentis K5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  100 
 
 
214 aa  438  1e-122  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  88.32 
 
 
214 aa  389  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.84 
 
 
262 aa  218  4e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  43.5 
 
 
185 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  44 
 
 
185 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  41.79 
 
 
185 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  40.8 
 
 
185 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.3 
 
 
185 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.3 
 
 
185 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.79 
 
 
185 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  39.3 
 
 
185 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  38.81 
 
 
185 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  38.07 
 
 
185 aa  138  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  40.3 
 
 
185 aa  136  3e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  37.86 
 
 
185 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  39.3 
 
 
185 aa  135  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  40.1 
 
 
187 aa  134  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  39.81 
 
 
190 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  39.81 
 
 
190 aa  131  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  39.81 
 
 
190 aa  131  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  39.81 
 
 
190 aa  131  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  39.38 
 
 
190 aa  131  8e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  38.39 
 
 
190 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  38.39 
 
 
190 aa  131  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  38.39 
 
 
190 aa  131  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  38.39 
 
 
190 aa  131  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  38.39 
 
 
205 aa  131  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  38.46 
 
 
190 aa  130  1e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  39.34 
 
 
190 aa  130  2e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  40.78 
 
 
200 aa  129  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  37.98 
 
 
190 aa  129  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  37.98 
 
 
205 aa  129  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  37.68 
 
 
185 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  37.98 
 
 
205 aa  129  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  38.38 
 
 
201 aa  127  9e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  40 
 
 
187 aa  127  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  39.05 
 
 
196 aa  125  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  37.88 
 
 
190 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  37.09 
 
 
186 aa  124  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  40.61 
 
 
189 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  37.8 
 
 
188 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.32 
 
 
191 aa  120  1e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  36.04 
 
 
180 aa  119  5e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  37.31 
 
 
191 aa  118  5e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  37.44 
 
 
190 aa  118  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36.27 
 
 
185 aa  118  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.98 
 
 
186 aa  117  9e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.98 
 
 
186 aa  116  2e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  37.88 
 
 
189 aa  116  2e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  36.68 
 
 
190 aa  114  1e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36 
 
 
186 aa  114  1e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  38.89 
 
 
189 aa  114  1e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  36.68 
 
 
190 aa  114  1e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  36.68 
 
 
190 aa  114  1e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  40.4 
 
 
183 aa  114  2e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  37.69 
 
 
189 aa  113  2e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  37.31 
 
 
185 aa  110  1e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  35.82 
 
 
209 aa  111  1e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  36.02 
 
 
197 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  34.5 
 
 
185 aa  108  4e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.18 
 
 
185 aa  108  9e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  35.32 
 
 
209 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  36.32 
 
 
190 aa  106  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.69 
 
 
185 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36 
 
 
187 aa  104  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  34.52 
 
 
192 aa  101  9e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.14 
 
 
185 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.67 
 
 
188 aa  99  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  34.33 
 
 
188 aa  99  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  35.64 
 
 
186 aa  99  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  35.64 
 
 
186 aa  99  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  34.63 
 
 
188 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.16 
 
 
188 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.16 
 
 
188 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.16 
 
 
188 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.16 
 
 
188 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  33.5 
 
 
190 aa  96.3  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  34.52 
 
 
188 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.2 
 
 
188 aa  96.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  34.52 
 
 
188 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  33.67 
 
 
185 aa  95.9  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  30.96 
 
 
188 aa  95.9  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  34.69 
 
 
188 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  35.18 
 
 
191 aa  95.1  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  31.82 
 
 
198 aa  93.2  3e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  35.54 
 
 
211 aa  81.3  1e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.06 
 
 
349 aa  74.3  1e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_002950  PG1963  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.45 
 
 
191 aa  71.6  7e-12  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2512  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.3 
 
 
189 aa  70.9  2e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  26.7 
 
 
335 aa  69.7  4e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  27.15 
 
 
325 aa  68.9  6e-11  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.43 
 
 
316 aa  68.6  6e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.49 
 
 
341 aa  67  2e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.41 
 
 
213 aa  67.4  2e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  2.00463e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3929  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.4 
 
 
258 aa  66.2  3e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.896953  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  30.59 
 
 
327 aa  66.2  4e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1671  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.81 
 
 
185 aa  65.9  5e-10  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0855  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.67 
 
 
188 aa  65.5  5e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0416487 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  28.24 
 
 
213 aa  65.9  5e-10  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  6.52312e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.98 
 
 
331 aa  65.5  5e-10  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>