214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0053 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0048  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.130794  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0053  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 111 bp  220  6e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0282002  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SA  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 112 bp  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SB  5S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 112 bp  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.271264  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 117 bp  101  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 117 bp  101  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0005  5S ribosomal RNA  88.04 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.52738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0016  5S ribosomal RNA  88.04 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.384299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 117 bp  95.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 132 bp  77.8  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 132 bp  77.8  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0011  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.114061 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0036  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0029  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.364551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0024  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflr03  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 103 bp  71.9  0.00000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflr06  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0068  5S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0042  5S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.488998  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0003  5S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.73811e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0380  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 109 bp  69.9  0.0000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0833  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 109 bp  69.9  0.0000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0008  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 114 bp  69.9  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000537705  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0008  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808782  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0007  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0528996  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SA  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SB  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0481886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SC  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SD  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SE  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SF  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se5SG  1 ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000030846  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0020  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0063  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.455895  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0079  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 119 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0023  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0079  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0068  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0005  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0018  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0020  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0033  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0049  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0052  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0076  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0092  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.214269  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0007  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 119 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0019  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 119 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.296052  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0022  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0063  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0068  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  67.9  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0010  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 113 bp  65.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0022  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0311578  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0082  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0171  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.114955  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0184  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00848557  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0412  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0961397  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1781  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.386687  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0015  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 117 bp  63.9  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_r0022  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_r0166  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_r1705  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_r1832  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.172239  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0067  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0009  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0008  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  90.2 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0005  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0036  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0040  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 115 bp  61.9  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.852672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0003  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000187832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>