299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0046 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0028  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0046  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.255383  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0050  tRNA-Gln  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000011016  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0035  tRNA-Gln  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000014299  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0037  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0050  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000077158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>