More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0003 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  92.75 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  92.75 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  96.43 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.3 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  91.3 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  89.19 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0059  tRNA-Lys  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0033  tRNA-Lys  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0016  tRNA-Lys  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  95.92 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0047  tRNA-Lys  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000113586  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0077  tRNA-Lys  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  92.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>