More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3140 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_3140  methyltransferase GidB  100 
 
 
217 aa  438  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3639  methyltransferase GidB  43.55 
 
 
215 aa  158  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  39.45 
 
 
217 aa  156  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4426  methyltransferase GidB  40.2 
 
 
219 aa  154  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3620  methyltransferase GidB  42.99 
 
 
221 aa  154  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  37.56 
 
 
217 aa  150  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3463  glucose-inhibited division protein B  39.02 
 
 
217 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3558  glucose inhibited division protein  35.78 
 
 
220 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  36.79 
 
 
207 aa  135  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  36.74 
 
 
240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  35.38 
 
 
207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  38.84 
 
 
235 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  37.61 
 
 
216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  38.3 
 
 
210 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  38.1 
 
 
222 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1744  16S rRNA methyltransferase GidB  33.64 
 
 
239 aa  126  3e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000198478  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
207 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
207 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
207 aa  124  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  32.08 
 
 
239 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  31.05 
 
 
241 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
207 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5609  16S rRNA methyltransferase GidB  32.87 
 
 
239 aa  123  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
207 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5326  16S rRNA methyltransferase GidB  32.87 
 
 
239 aa  123  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149242 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  34.21 
 
 
239 aa  123  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  38.57 
 
 
222 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  40.88 
 
 
220 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5179  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  37.98 
 
 
223 aa  121  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5633  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  121  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5335  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  121  6e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5163  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  121  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5592  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  121  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000593206 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5732  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  121  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5275  16S rRNA methyltransferase GidB  32.87 
 
 
239 aa  122  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  35.1 
 
 
223 aa  121  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  35.42 
 
 
239 aa  121  7e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  35.42 
 
 
239 aa  121  7e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  32.46 
 
 
238 aa  121  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3786  16S rRNA methyltransferase GidB  41.18 
 
 
221 aa  121  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.393771  decreased coverage  0.000261644 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0016  methyltransferase GidB  35.58 
 
 
222 aa  121  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525658  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5669  16S rRNA methyltransferase GidB  32.41 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1192  methyltransferase GidB  33.48 
 
 
246 aa  119  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0331382  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  35.29 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  38.94 
 
 
218 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  35.71 
 
 
227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  33.18 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0013  methyltransferase GidB  36.41 
 
 
222 aa  118  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000119734  hitchhiker  0.00444257 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  32.24 
 
 
239 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  35.96 
 
 
227 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  34.74 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  34.74 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  34.74 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  31.86 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  35.07 
 
 
214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  35.79 
 
 
240 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  34.12 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  39.39 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  33.8 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  37.16 
 
 
214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  32.68 
 
 
236 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  33.19 
 
 
238 aa  112  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  34.13 
 
 
242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  35.55 
 
 
213 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 
238 aa  112  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  36.59 
 
 
234 aa  112  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  31.36 
 
 
240 aa  111  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  39.13 
 
 
225 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  33.97 
 
 
206 aa  111  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  33.8 
 
 
206 aa  111  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  32.18 
 
 
214 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  35.18 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  31.28 
 
 
213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  32.34 
 
 
214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  32.86 
 
 
206 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  34.43 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  35.83 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  35.07 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  35.07 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  32.72 
 
 
204 aa  109  3e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  35.21 
 
 
234 aa  109  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1057  16S rRNA methyltransferase GidB  41.18 
 
 
238 aa  109  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.904694 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  33.64 
 
 
238 aa  109  3e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2949  16S rRNA methyltransferase GidB  36.6 
 
 
208 aa  108  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  33.01 
 
 
206 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  34.6 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0702  16S rRNA methyltransferase GidB  32.86 
 
 
256 aa  108  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  32.6 
 
 
206 aa  108  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  36.46 
 
 
205 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  30.56 
 
 
208 aa  108  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>