More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3068 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  100 
 
 
109 aa  220  5e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3281  thioredoxin  74.31 
 
 
109 aa  176  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3230  thioredoxin  73.39 
 
 
109 aa  176  9e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  9.30614e-09  normal  0.223494 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0363  thioredoxin  68.81 
 
 
109 aa  166  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.45924e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  72.48 
 
 
109 aa  166  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0404  thioredoxin  66.97 
 
 
109 aa  164  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  1.90247e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0404  thioredoxin  66.06 
 
 
109 aa  162  1e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.986075 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  59.63 
 
 
109 aa  149  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  62.62 
 
 
108 aa  149  9e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  60.75 
 
 
108 aa  149  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0179  thioredoxin  61.68 
 
 
108 aa  148  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0510  thioredoxin 1  61.68 
 
 
108 aa  148  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0310601 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  61.68 
 
 
108 aa  148  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  60.55 
 
 
110 aa  148  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  147  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3380  thioredoxin  68.81 
 
 
109 aa  147  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  7.57275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0156  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  146  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  60.75 
 
 
108 aa  146  1e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  63.46 
 
 
107 aa  145  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  144  4e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  59.63 
 
 
110 aa  144  4e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  58.72 
 
 
110 aa  144  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  57.94 
 
 
108 aa  143  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  58.72 
 
 
110 aa  143  8e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  142  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  56.88 
 
 
133 aa  142  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  57.94 
 
 
108 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  57.01 
 
 
108 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  60.75 
 
 
108 aa  142  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00569  thioredoxin  57.94 
 
 
112 aa  140  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.181003  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  63.27 
 
 
106 aa  140  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  56.07 
 
 
109 aa  141  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1513  thioredoxin  54.72 
 
 
109 aa  140  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  4.29326e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  56.6 
 
 
109 aa  140  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  140  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  61.17 
 
 
107 aa  139  9e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  60.58 
 
 
107 aa  139  1e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1708  thioredoxin  56.88 
 
 
110 aa  139  1e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00102285  normal  0.772138 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  57.01 
 
 
108 aa  139  1e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  57.8 
 
 
110 aa  139  1e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  57.8 
 
 
110 aa  139  1e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  60.19 
 
 
108 aa  139  1e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  59.22 
 
 
108 aa  139  1e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  8.76713e-08  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  59.22 
 
 
108 aa  139  2e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3675  thioredoxin  59.81 
 
 
109 aa  139  2e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.852228 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  59.22 
 
 
108 aa  139  2e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  56.07 
 
 
108 aa  138  2e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  59.22 
 
 
108 aa  138  2e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  59.81 
 
 
146 aa  138  2e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  56.07 
 
 
108 aa  138  2e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  59.81 
 
 
108 aa  139  2e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  60.19 
 
 
108 aa  138  2e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  58.1 
 
 
109 aa  137  4e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  58.82 
 
 
107 aa  137  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  58.82 
 
 
107 aa  137  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  137  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  59.41 
 
 
124 aa  137  7e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  57.84 
 
 
107 aa  136  8e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0180  thioredoxin  58.1 
 
 
115 aa  136  8e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  59.8 
 
 
125 aa  136  8e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  58.88 
 
 
146 aa  136  8e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  57.01 
 
 
108 aa  136  9e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  57.94 
 
 
108 aa  135  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  57.94 
 
 
108 aa  136  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.55412e-11  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>