More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3063 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 315 aa  618  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  62.5 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  62.17 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  61.39 
 
 		 310 aa  368  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  58.22 
 
 		 318 aa  347  1e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  57.57 
 
 		 318 aa  340  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  60.07 
 
 		 312 aa  338  8e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  57.24 
 
 		 318 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  58.82 
 
 		 313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  58.14 
 
 		 314 aa  332  6e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  55.74 
 
 		 317 aa  332  7.000000000000001e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  57.52 
 
 		 313 aa  331  9e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  57.76 
 
 		 313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  57.84 
 
 		 313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 309 aa  326  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  56.86 
 
 		 326 aa  326  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  57.43 
 
 		 313 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 310 aa  323  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  55.56 
 
 		 310 aa  322  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  54.87 
 
 		 309 aa  322  5e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  56.21 
 
 		 313 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  56.38 
 
 		 313 aa  322  5e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  56.48 
 
 		 312 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  56.68 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  57.14 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  55.88 
 
 		 313 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  55.23 
 
 		 309 aa  319  3e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  54.61 
 
 		 310 aa  319  5e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  55.78 
 
 		 309 aa  318  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  56.13 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 317 aa  317  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  57.76 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  57.76 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  315  6e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  56.21 
 
 		 315 aa  315  6e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  315  8e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  315  8e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  315  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  56.86 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  55.15 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  55.31 
 
 		 316 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  56.91 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  52.61 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  54.52 
 
 		 326 aa  311  6.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  53.59 
 
 		 310 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  58.19 
 
 		 315 aa  310  1e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  52.38 
 
 		 321 aa  311  1e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  56.44 
 
 		 313 aa  310  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  51.54 
 
 		 339 aa  308  5e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  54.9 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  51.32 
 
 		 310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  55.88 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  51.31 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 317 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 322 aa  302  6.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  54.17 
 
 		 313 aa  301  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  54.17 
 
 		 320 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  54.17 
 
 		 313 aa  301  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  54.17 
 
 		 320 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  50.5 
 
 		 309 aa  301  7.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  54.82 
 
 		 311 aa  301  7.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  54.17 
 
 		 318 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3354  porphobilinogen deaminase  51.84 
 
 		 308 aa  300  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 314 aa  298  6e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 314 aa  298  6e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 312 aa  298  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  55.41 
 
 		 320 aa  298  7e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  55.26 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 318 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 320 aa  297  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  52.16 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  53.95 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 318 aa  296  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  54.75 
 
 		 313 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  54.75 
 
 		 313 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  49.67 
 
 		 310 aa  295  7e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  52.46 
 
 		 312 aa  293  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 		 310 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  47.99 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1273  porphobilinogen deaminase  56.33 
 
 		 315 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  51.95 
 
 		 319 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  291  7e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  51.33 
 
 		 309 aa  291  9e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  291  9e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  51 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  50.67 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 313 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>