187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2973 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  100 
 
 
266 aa  538  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  35.23 
 
 
271 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  36.56 
 
 
271 aa  146  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  34.3 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  34.86 
 
 
283 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  35.31 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  31.18 
 
 
275 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  30.58 
 
 
272 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  30.04 
 
 
275 aa  102  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  48.51 
 
 
263 aa  102  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  27.87 
 
 
292 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  33 
 
 
322 aa  98.2  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  28.98 
 
 
258 aa  96.3  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  38.35 
 
 
322 aa  94.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  26.48 
 
 
318 aa  93.2  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  29.26 
 
 
256 aa  90.5  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  27.04 
 
 
257 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  28.81 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  28.46 
 
 
262 aa  84  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  27.68 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  31.79 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  39.67 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  37.29 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 
287 aa  78.2  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  37.5 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  28.38 
 
 
248 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  29.64 
 
 
269 aa  77  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  30.13 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  23.86 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  35.29 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  26.72 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  30.72 
 
 
285 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
272 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  32.48 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  25.63 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  33.33 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  34.48 
 
 
333 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  26.85 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  30.9 
 
 
254 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  34.19 
 
 
271 aa  73.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  26.6 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  24.81 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  37.19 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  40.4 
 
 
487 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  28.73 
 
 
265 aa  72  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
262 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
262 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
262 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  25.87 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  23.47 
 
 
262 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.66 
 
 
263 aa  69.7  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  34.65 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  27.43 
 
 
254 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610917  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  24.6 
 
 
249 aa  68.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  32.81 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  29.57 
 
 
269 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  30.72 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  28.04 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  27.5 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 
377 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  25.37 
 
 
264 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  32.35 
 
 
341 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  29.8 
 
 
339 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  34.26 
 
 
304 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  27.04 
 
 
249 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  25.79 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  29.03 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  26.42 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  34.55 
 
 
304 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  26.48 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
350 aa  65.5  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  29.91 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  26.48 
 
 
234 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  36.56 
 
 
313 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  21.58 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  22.81 
 
 
229 aa  63.9  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  34.68 
 
 
329 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  24.79 
 
 
243 aa  64.7  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  25.55 
 
 
265 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  27.83 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  26.29 
 
 
257 aa  63.9  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  27.35 
 
 
269 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  27.35 
 
 
269 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  27.35 
 
 
269 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>