More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2927 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  65.52 
 
 
496 aa  677    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 
504 aa  1050    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  93.12 
 
 
505 aa  968    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  66.67 
 
 
498 aa  694    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  65.6 
 
 
500 aa  675    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  66.27 
 
 
498 aa  682    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  59.12 
 
 
499 aa  600  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  59.54 
 
 
499 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  52.3 
 
 
504 aa  531  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  51.72 
 
 
708 aa  518  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  54.23 
 
 
508 aa  508  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  55.29 
 
 
503 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  54.29 
 
 
508 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  54.51 
 
 
492 aa  499  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  50.75 
 
 
505 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  50.77 
 
 
496 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  47.08 
 
 
633 aa  430  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  43.28 
 
 
495 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  42.59 
 
 
568 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  45.59 
 
 
574 aa  395  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  43.49 
 
 
505 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  43.84 
 
 
574 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  44.73 
 
 
574 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  45.32 
 
 
587 aa  392  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  42.18 
 
 
523 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  42.18 
 
 
508 aa  384  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  40 
 
 
495 aa  377  1e-103  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  45.25 
 
 
585 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  42 
 
 
526 aa  359  6e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  41.13 
 
 
494 aa  358  9.999999999999999e-98  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  40.88 
 
 
506 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  38.42 
 
 
501 aa  354  2e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  41.15 
 
 
499 aa  353  4e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  43.5 
 
 
808 aa  352  8.999999999999999e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  41.73 
 
 
816 aa  341  2e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  39.3 
 
 
516 aa  338  9.999999999999999e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  40.46 
 
 
815 aa  336  7e-91  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  39.79 
 
 
505 aa  335  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  40.62 
 
 
822 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  38.34 
 
 
527 aa  332  8e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  39.21 
 
 
814 aa  332  1e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  40.04 
 
 
527 aa  331  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  38.4 
 
 
522 aa  331  2e-89  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  41.74 
 
 
860 aa  325  1e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  37.16 
 
 
511 aa  323  5e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  36.26 
 
 
526 aa  323  6e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  35.82 
 
 
523 aa  319  6e-86  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  36.52 
 
 
527 aa  319  7.999999999999999e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  41.61 
 
 
824 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  38.95 
 
 
891 aa  310  2.9999999999999997e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  37.89 
 
 
493 aa  310  4e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  40.3 
 
 
873 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  37.28 
 
 
513 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  36.52 
 
 
518 aa  300  4e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  36.52 
 
 
523 aa  300  4e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  36.52 
 
 
518 aa  300  4e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  36.52 
 
 
518 aa  299  6e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  36.52 
 
 
518 aa  299  6e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  38.35 
 
 
908 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  36.58 
 
 
799 aa  286  9e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  34.77 
 
 
518 aa  282  8.000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  34.73 
 
 
540 aa  279  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  35.84 
 
 
809 aa  277  3e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  34.39 
 
 
528 aa  276  5e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  36.29 
 
 
810 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  39.47 
 
 
554 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  36.69 
 
 
516 aa  274  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.71 
 
 
497 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  33.6 
 
 
871 aa  268  1e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  34.76 
 
 
522 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  34.76 
 
 
522 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  34.5 
 
 
537 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  32.97 
 
 
537 aa  267  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  34.12 
 
 
680 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  34.7 
 
 
544 aa  262  8.999999999999999e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  35.19 
 
 
498 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  35.58 
 
 
808 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  35.35 
 
 
537 aa  259  6e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  35.35 
 
 
537 aa  259  6e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  36.31 
 
 
520 aa  259  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  36.31 
 
 
520 aa  259  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  35.86 
 
 
799 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 
535 aa  256  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.03 
 
 
538 aa  256  7e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  33.39 
 
 
547 aa  255  1.0000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  33.7 
 
 
547 aa  256  1.0000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  34.42 
 
 
810 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  36.54 
 
 
814 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  32.93 
 
 
847 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  34.53 
 
 
525 aa  252  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  33.03 
 
 
535 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.64 
 
 
549 aa  251  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  34.36 
 
 
534 aa  249  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  32.26 
 
 
510 aa  249  8e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  34.22 
 
 
540 aa  249  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  32.85 
 
 
547 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  35.42 
 
 
827 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  32.77 
 
 
544 aa  248  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  36.1 
 
 
523 aa  247  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  35.73 
 
 
525 aa  247  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>