155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2640 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
296 aa  615  1e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  33.1 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  35.02 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  33.33 
 
 
308 aa  158  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  35.25 
 
 
293 aa  156  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  29.9 
 
 
297 aa  150  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.1 
 
 
293 aa  147  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  33.1 
 
 
293 aa  144  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  32.77 
 
 
291 aa  139  6e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
311 aa  135  9e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  33.61 
 
 
291 aa  135  9e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  28.36 
 
 
295 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
296 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 
295 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  30.74 
 
 
338 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  27.72 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  31.96 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  34.36 
 
 
321 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  27.48 
 
 
293 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  32.06 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 
289 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  28.84 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 
292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  28.89 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 
300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  25.63 
 
 
291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  31.05 
 
 
293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  26.83 
 
 
294 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  26.33 
 
 
292 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  27.83 
 
 
292 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 
297 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
292 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  29.72 
 
 
300 aa  106  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  24.55 
 
 
293 aa  105  7e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  24.9 
 
 
291 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  25.35 
 
 
380 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  30.41 
 
 
295 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  28.72 
 
 
293 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  24.38 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  28.87 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  28.02 
 
 
332 aa  97.4  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
293 aa  95.5  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
293 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  26.8 
 
 
293 aa  89.7  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
293 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 
293 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  21.32 
 
 
386 aa  84  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.66 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  22.3 
 
 
377 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  25.09 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  19.4 
 
 
399 aa  70.5  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 
390 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  29.03 
 
 
501 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.67 
 
 
612 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.67 
 
 
612 aa  59.7  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.14 
 
 
600 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  24.06 
 
 
319 aa  57  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  27.27 
 
 
547 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  22.46 
 
 
409 aa  56.2  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0586  radical SAM family protein  25.56 
 
 
319 aa  55.8  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3661  putative radical SAM protein  24.44 
 
 
319 aa  53.9  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  23.33 
 
 
402 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
565 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 
498 aa  53.1  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.79 
 
 
558 aa  52.8  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.3 
 
 
569 aa  52.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.53 
 
 
474 aa  52.8  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  26.25 
 
 
501 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
580 aa  52.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.7 
 
 
567 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  26.28 
 
 
488 aa  52  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0488  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  24.41 
 
 
374 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
520 aa  51.6  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.61 
 
 
548 aa  52  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
546 aa  51.2  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
547 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.62 
 
 
501 aa  50.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  22.05 
 
 
501 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2357  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  27.39 
 
 
466 aa  50.4  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0972265  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.85 
 
 
506 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 
506 aa  50.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
546 aa  50.8  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  21.78 
 
 
472 aa  50.4  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  22.84 
 
 
473 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 
506 aa  50.4  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  24.12 
 
 
503 aa  50.1  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  21.24 
 
 
520 aa  50.1  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
546 aa  49.3  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
546 aa  49.3  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 
546 aa  49.3  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.75 
 
 
675 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>