More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2572 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2572  putative endonuclease  100 
 
 
232 aa  478  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3521  HhH-GPD family protein  56.07 
 
 
228 aa  238  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.318887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3590  HhH-GPD family protein  56.4 
 
 
228 aa  238  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  57.87 
 
 
223 aa  235  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0196  HhH-GPD family protein  54.41 
 
 
228 aa  231  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00220253  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3377  helix-hairpin-helix domain-containing protein  50.7 
 
 
228 aa  221  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  48.85 
 
 
257 aa  221  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0376  HhH-GPD family protein  54.73 
 
 
225 aa  218  6e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0814  HhH-GPD  47.44 
 
 
222 aa  210  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0231377  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  46.83 
 
 
225 aa  206  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02160  HhH-GPD family protein  50.25 
 
 
224 aa  204  7e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000559772  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  47.72 
 
 
216 aa  204  1e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  48.5 
 
 
222 aa  204  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_002936  DET1612  HhH-GPD family DNA repair protein  47.26 
 
 
220 aa  198  6e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  47.89 
 
 
250 aa  196  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1435  DNA-3-methyladenine glycosylase III  47.14 
 
 
221 aa  193  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115204  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  48.53 
 
 
216 aa  192  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1494  HhH-GPD protein  43.06 
 
 
223 aa  187  1e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  44.81 
 
 
223 aa  187  1e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0846  HhH-GPD family protein  49.47 
 
 
223 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00183555  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  47.52 
 
 
221 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2870  HhH-GPD family protein  50 
 
 
232 aa  185  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2009  HhH-GPD family protein  50.75 
 
 
217 aa  184  8e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  49.29 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  44.09 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1794  base excision repair protein, HhH-GPD family  50 
 
 
223 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1471  HhH-GPD family protein  50 
 
 
223 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.598554  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1875  DNA-3-methyladenine glycosylase III  47.21 
 
 
237 aa  180  1e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000316545  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3156  HhH-GPD family protein  49.23 
 
 
223 aa  180  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0734145 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2157  HhH-GPD family protein  45.02 
 
 
218 aa  179  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.242107 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1436  HhH-GPD family protein  41.23 
 
 
226 aa  179  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00274165  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  42.44 
 
 
226 aa  177  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  44.23 
 
 
220 aa  169  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  44.23 
 
 
220 aa  168  8e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0686  HhH-GPD family protein  40.57 
 
 
206 aa  167  1e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0971  HhH-GPD family protein  39.73 
 
 
213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1039  DNA-3-methyladenine glycosylase III  40.49 
 
 
229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0522  HhH-GPD family protein  44.34 
 
 
216 aa  159  3e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0307  HhH-GPD family protein  35.32 
 
 
232 aa  159  4e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1607  HhH-GPD family protein  35.74 
 
 
232 aa  158  7e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.341596  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1021  DNA-3-methyladenine glycosylase III  34.89 
 
 
232 aa  157  1e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.499104  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1733  HhH-GPD family protein  40.84 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000108213  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1458  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
232 aa  144  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3333  DNA-3-methyladenine glycosylase III  35.54 
 
 
254 aa  143  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0577922  normal  0.0670566 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1310  uncharacterized endonuclease III related protein  35.65 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000484285 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3332  HhH-GPD family protein  36.51 
 
 
297 aa  133  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0466  endonuclease III  38.54 
 
 
216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1010  HhH-GPD family protein  35.71 
 
 
296 aa  126  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1800  HhH-GPD family protein  40.1 
 
 
215 aa  126  3e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.267286  normal  0.256575 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0834  endonuclease III-like protein  36.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.509724  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1026  HhH-GPD family protein  37.62 
 
 
216 aa  123  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0263  endonuclease III, putative  32.28 
 
 
211 aa  122  3e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2873  HhH-GPD family protein  38.57 
 
 
268 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0631  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
211 aa  122  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0646  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
211 aa  122  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0080  endonuclease III  34.58 
 
 
222 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.801844  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0996  endonuclease III-like protein  42.76 
 
 
216 aa  119  4.9999999999999996e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0101  HhH-GPD family protein  34.63 
 
 
218 aa  117  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0716  chemotaxis protein methyltransferase  37.02 
 
 
222 aa  116  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0276125  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.71 
 
 
230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0340  DNA-3-methyladenine glycosylase III  33.03 
 
 
224 aa  112  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0101883  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0740  endonuclease III  38.8 
 
 
221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00244289  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.68 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0651  HhH-GPD family protein  36.45 
 
 
233 aa  110  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000124535  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  32.68 
 
 
222 aa  106  3e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0066  HhH-GPD family protein  32.68 
 
 
219 aa  105  7e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1611  HhH-GPD family protein  35.15 
 
 
221 aa  103  3e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1638  HhH-GPD family protein  33.68 
 
 
204 aa  102  4e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.1 
 
 
236 aa  101  9e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.53 
 
 
222 aa  95.5  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3075  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.45 
 
 
270 aa  94  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156528  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  31.55 
 
 
203 aa  92.8  4e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1583  DNA-3-methyladenine glycosylase III  35.9 
 
 
221 aa  92  7e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00807235  decreased coverage  0.00557129 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1101  endonuclease III, putative  32.4 
 
 
228 aa  90.1  3e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.471141  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1226  endonuclease III, putative  30.73 
 
 
228 aa  89.4  4e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1038  HhH-GPD family protein  29.95 
 
 
226 aa  89.7  4e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.444398  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2702  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.73 
 
 
274 aa  89  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.620908  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.18 
 
 
230 aa  89  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0640  putative endonuclease III  30.21 
 
 
228 aa  87  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.178436  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18160  uncharacterized endonuclease III-like protein  34.55 
 
 
212 aa  86.7  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.141064  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0292  HhH-GPD family protein  28.14 
 
 
227 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0141  HhH-GPD family protein  30.11 
 
 
236 aa  84.7  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  31.41 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  31.41 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  28.88 
 
 
213 aa  82  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2166  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.05 
 
 
220 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0297232  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0613  endonuclease III  30.32 
 
 
286 aa  81.6  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2595  HhH-GPD family protein  28.18 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  28.88 
 
 
213 aa  79  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1493  endonuclease III  27.91 
 
 
209 aa  79  0.00000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.319133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0393  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.85 
 
 
240 aa  79  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0160174  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0091  endonuclease III  29.79 
 
 
237 aa  78.2  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  31.12 
 
 
217 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.84 
 
 
215 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0009  endonuclease III  26.32 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385159  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2013  HhH-GPD family protein  31.16 
 
 
236 aa  76.6  0.0000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.367934 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.35 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.21 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0317  HhH-GPD family protein  27.15 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.196708  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.34 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>