More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1992 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  100 
 
 
342 aa  711    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.05 
 
 
321 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  54.4 
 
 
325 aa  353  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.24 
 
 
324 aa  352  5e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  52.76 
 
 
347 aa  350  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.23 
 
 
321 aa  348  6e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.16 
 
 
325 aa  324  1e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  52.6 
 
 
329 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.89 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.01 
 
 
333 aa  285  8e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
347 aa  281  1e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.48 
 
 
318 aa  281  1e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.69 
 
 
320 aa  280  3e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
322 aa  276  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.75 
 
 
326 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.75 
 
 
326 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  42.19 
 
 
319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 
328 aa  263  3e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.14 
 
 
324 aa  261  8.999999999999999e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.54 
 
 
333 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
326 aa  247  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  40.95 
 
 
349 aa  246  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.42 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.42 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.42 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.42 
 
 
332 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.02 
 
 
328 aa  239  5e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
324 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
324 aa  239  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.01 
 
 
327 aa  238  1e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  38.81 
 
 
362 aa  236  6e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.9 
 
 
331 aa  235  7e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.3 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.22 
 
 
334 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.61 
 
 
393 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.4 
 
 
394 aa  233  3e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.44 
 
 
337 aa  233  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.51 
 
 
334 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.33 
 
 
335 aa  232  7.000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
370 aa  231  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.99 
 
 
320 aa  231  2e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.11 
 
 
325 aa  231  2e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.04 
 
 
308 aa  231  2e-59  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.73 
 
 
333 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.86 
 
 
332 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  41.4 
 
 
336 aa  229  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.68 
 
 
354 aa  226  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
335 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 
306 aa  226  4e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  43.67 
 
 
352 aa  226  4e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 
306 aa  226  4e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.25 
 
 
350 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.31 
 
 
343 aa  226  6e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.74 
 
 
317 aa  225  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 
347 aa  224  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.48 
 
 
321 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.89 
 
 
333 aa  223  3e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.69 
 
 
327 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 
353 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 
350 aa  222  8e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
352 aa  222  9e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.19 
 
 
358 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.72 
 
 
352 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
343 aa  220  3e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.85 
 
 
334 aa  220  3e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  41.78 
 
 
327 aa  219  5e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.91 
 
 
388 aa  219  5e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 
398 aa  219  6e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.01 
 
 
348 aa  219  7e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.64 
 
 
322 aa  219  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.2 
 
 
326 aa  218  7.999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
384 aa  219  7.999999999999999e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 
357 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
331 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  39.44 
 
 
414 aa  218  1e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.93 
 
 
323 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
322 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 
346 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.68 
 
 
332 aa  218  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.28 
 
 
317 aa  216  4e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  37.96 
 
 
353 aa  216  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.21 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.58 
 
 
333 aa  215  7e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  35.62 
 
 
351 aa  215  8e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.73 
 
 
379 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  40 
 
 
373 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.6 
 
 
343 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  38.36 
 
 
320 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 
380 aa  214  1.9999999999999998e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.59 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.66 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.75 
 
 
346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>