More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1900 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1900  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  291  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.03474e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1049  50S ribosomal protein L13  70.21 
 
 
143 aa  219  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.77368e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  68.79 
 
 
143 aa  209  9e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3349  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  209  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.084598 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2876  50S ribosomal protein L13  68.09 
 
 
143 aa  209  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  2.82289e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0912  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  209  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.82809e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  206  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  5.0014e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  66.42 
 
 
142 aa  199  9e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  4.35691e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 
142 aa  196  1e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  193  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  193  8e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  192  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  192  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.22799e-07  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1812  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
149 aa  191  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.181539  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  191  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  191  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  190  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  190  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  190  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
142 aa  190  6e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.72076e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  189  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  189  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  189  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.18525e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  188  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  188  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  2.67326e-11  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  62.14 
 
 
145 aa  188  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  1.19852e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  187  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.52627e-09  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  187  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  59.15 
 
 
142 aa  187  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
144 aa  186  7e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
144 aa  186  7e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  186  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2425  50S ribosomal protein L13  62.04 
 
 
144 aa  186  9e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  4.19018e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  186  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  186  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.71958e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3711  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  186  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.145139  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  186  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  62.68 
 
 
142 aa  185  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  185  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.6356e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  185  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.6322e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  60.28 
 
 
143 aa  185  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.82384e-07  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  185  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.27467e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  58.45 
 
 
144 aa  185  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
142 aa  185  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  60.56 
 
 
142 aa  184  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
142 aa  184  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  6.79553e-07  normal  0.257999 
 
 
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  184  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  1.51129e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  61.27 
 
 
142 aa  184  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.23224e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  184  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.15233e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  184  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
147 aa  183  6e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  61.31 
 
 
150 aa  183  6e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
142 aa  183  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  183  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.36634e-07  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.56575e-09  decreased coverage  1.94665e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.95186e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  3.11613e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.05135e-07  hitchhiker  3.559e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  2.44686e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
142 aa  182  1e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.05698e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.42951e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  7.56717e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  4.82392e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  3.2614e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.18641e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.5141e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  6.80495e-06  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.00436e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  6.30317e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.8374e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.28707e-09  hitchhiker  9.18521e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  182  1e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.45483e-07  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
142 aa  181  2e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.58843e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  56.34 
 
 
147 aa  182  2e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0320  ribosomal protein L13  59.12 
 
 
148 aa  182  2e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.40761e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
142 aa  182  2e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  1.31451e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2044  ribosomal protein L13  57.75 
 
 
142 aa  181  2e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  5.10712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
149 aa  181  2e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  181  2e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.33795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  181  2e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.11952e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4027  ribosomal protein L13  59.15 
 
 
149 aa  181  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.353681  normal  0.240454 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  181  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
142 aa  181  4e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  58.45 
 
 
147 aa  181  4e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1232  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 
142 aa  181  4e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  2.29053e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2355  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
149 aa  180  6e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.310176  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  56.93 
 
 
144 aa  180  6e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  1.60952e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0561  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 
144 aa  179  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000199102  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
142 aa  179  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 
142 aa  179  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  58.39 
 
 
143 aa  179  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0005  ribosomal protein L13  59.29 
 
 
147 aa  179  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.903919  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0745  ribosomal protein L13  56.34 
 
 
146 aa  179  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
142 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  8.92865e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 
142 aa  178  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
147 aa  178  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>