More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1899 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1899  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  266  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  3.1303899999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3190  30S ribosomal protein S9  83.85 
 
 
130 aa  227  4e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000452354  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1050  30S ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  221  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000126027  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3085  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  221  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000996861  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0913  ribosomal protein S9  80 
 
 
129 aa  207  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3348  ribosomal protein S9  80 
 
 
129 aa  206  7e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0614997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0607  30S ribosomal protein S9  72.31 
 
 
130 aa  197  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000206629  hitchhiker  0.00149279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2875  30S ribosomal protein S9  71.54 
 
 
130 aa  192  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0195834  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1668  ribosomal protein S9  73.85 
 
 
130 aa  185  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000154129  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3453  30S ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3371  30S ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0767368  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3517  30S ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.143376  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  181  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000012665  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3436  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
131 aa  177  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.113849  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  176  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  176  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0293  ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  174  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  63.08 
 
 
130 aa  173  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4425  ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.146621  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3536  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000037617  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4119  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3642  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000331692  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3607  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000867127  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3535  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000799314  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3704  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00817033  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0048  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000140237  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000113025  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000883336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1316  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428523  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4408  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3627  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  170  5e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023775  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4533  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848049  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000557445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000601039  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000016286  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112038  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000111446  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000371086  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  61.54 
 
 
130 aa  170  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0923  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  169  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2679  ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  169  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0151101  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  167  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  168  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2069  30S ribosomal protein S9  60 
 
 
130 aa  168  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000831765  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0104  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  167  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000569691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3702  ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  167  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000244977  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2399  ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  167  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.696602  normal  0.066769 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0970  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  167  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476085 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0795  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  166  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000718866  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1782  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  166  9e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  61.54 
 
 
130 aa  166  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1179  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
161 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.554063  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0321  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000288169  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  62.9 
 
 
130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2175  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
160 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0915323  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0021  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
160 aa  164  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.849835  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1379  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
159 aa  164  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0851685 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1650  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
160 aa  164  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.377487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3594  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  164  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000165532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4442  ribosomal protein S9  60 
 
 
130 aa  164  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  163  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000147442  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1872  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
159 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.952658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0149  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
162 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13050  30S ribosomal protein S9  58.46 
 
 
130 aa  162  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3070  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000352838  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2708  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
158 aa  161  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.421371  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0797  30S ribosomal protein S9  63.78 
 
 
128 aa  161  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000494469  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0247  SSU ribosomal protein S9P  60 
 
 
130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00762963  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3939  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3293  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000148641  hitchhiker  0.00108393 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1422  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
158 aa  161  3e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.51395  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0560  30S ribosomal protein S9  60.48 
 
 
130 aa  161  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000599765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3651  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456747  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3163  30S ribosomal protein S9  60 
 
 
130 aa  161  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.247444  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0745  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000051972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0724  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00489418  hitchhiker  0.0000321207 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3268  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222713  hitchhiker  0.0000090404 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0679  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000564509  hitchhiker  0.00025421 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0734  30S ribosomal protein S9  59.23 
 
 
130 aa  161  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144699  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0733  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000589004  hitchhiker  0.00344758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0703  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000775692  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0693  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  161  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000579549  decreased coverage  0.00000193008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2620  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
161 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.159482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2843  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
161 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3107  30S ribosomal protein S9  60.32 
 
 
160 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.966484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4611  30S ribosomal protein S9  58.14 
 
 
162 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0520803 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0748  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000172866  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4221  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000135609  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4591  30S ribosomal protein S9  59.52 
 
 
160 aa  160  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1163  30S ribosomal protein S9  58.91 
 
 
160 aa  160  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.456788  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  160  7e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000116915  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0454  30S ribosomal protein S9  60.48 
 
 
130 aa  159  9e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0255963  normal  0.796217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2672  30S ribosomal protein S9  59.52 
 
 
158 aa  159  9e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.569835  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2663  30S ribosomal protein S9  56.92 
 
 
130 aa  159  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00134428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>