More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1894 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
355 aa  735  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.38291e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.11 
 
 
373 aa  523  1e-147  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.23 
 
 
370 aa  511  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.39 
 
 
371 aa  510  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.62 
 
 
372 aa  508  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.34 
 
 
372 aa  507  1e-142  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.33 
 
 
380 aa  484  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.45 
 
 
374 aa  480  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.29 
 
 
375 aa  461  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.64 
 
 
372 aa  457  1e-128  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.32 
 
 
395 aa  459  1e-128  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.37 
 
 
371 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
370 aa  442  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.55 
 
 
373 aa  440  1e-122  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  3.56741e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.25 
 
 
370 aa  440  1e-122  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.55 
 
 
374 aa  440  1e-122  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.49 
 
 
373 aa  441  1e-122  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.18 
 
 
370 aa  439  1e-122  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.3 
 
 
369 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.1 
 
 
379 aa  436  1e-121  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  60.68 
 
 
371 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.68 
 
 
373 aa  434  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.08 
 
 
379 aa  434  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.93 
 
 
369 aa  432  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.12 
 
 
374 aa  434  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.47 
 
 
374 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.19 
 
 
376 aa  429  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.05 
 
 
387 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.79 
 
 
373 aa  430  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.03 
 
 
371 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.03 
 
 
371 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.88 
 
 
372 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.26 
 
 
371 aa  427  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.89 
 
 
386 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
381 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.05 
 
 
385 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
374 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.56 
 
 
370 aa  426  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  3.78979e-06  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.72 
 
 
385 aa  424  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.88 
 
 
375 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
374 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.73 
 
 
375 aa  424  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  1.87089e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 
374 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1359  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.72 
 
 
372 aa  421  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000569759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.81 
 
 
380 aa  421  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.9 
 
 
387 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.67 
 
 
367 aa  424  1e-117  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0144  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.43 
 
 
384 aa  423  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0518824  decreased coverage  0.000581764 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.96 
 
 
379 aa  422  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.9 
 
 
381 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.3 
 
 
382 aa  423  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.56 
 
 
391 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.94 
 
 
375 aa  424  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.84 
 
 
377 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.45 
 
 
375 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.16 
 
 
375 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.38 
 
 
373 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  56 
 
 
379 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  1.18913e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.28041e-06  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.65 
 
 
407 aa  421  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
388 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.23 
 
 
378 aa  421  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.28432e-05 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  419  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.27158e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
376 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  419  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  5.78318e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.56 
 
 
381 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  9.56702e-08  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.70513e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.21 
 
 
370 aa  419  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  418  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.52098e-07  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.48017e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  4.8864e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.12 
 
 
391 aa  420  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
376 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.75969e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  55.65 
 
 
382 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.59 
 
 
371 aa  419  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  3.10592e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1175  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.52 
 
 
368 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0539668  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.43 
 
 
377 aa  418  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
379 aa  418  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  2.56565e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  414  1e-115  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.35544e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  414  1e-115  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.63226e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
380 aa  415  1e-115  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
370 aa  414  1e-115  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
374 aa  414  1e-115  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.09087e-05  hitchhiker  1.08069e-07 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
387 aa  416  1e-115  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3258  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.68 
 
 
368 aa  416  1e-115  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  6.43926e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.36 
 
 
377 aa  417  1e-115  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.94 
 
 
374 aa  417  1e-115  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.74895e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.07 
 
 
374 aa  414  1e-115  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>