More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1892 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 533 aa  1068    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  56.64 
 
 		 533 aa  600  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  56.66 
 
 		 532 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  57.33 
 
 		 532 aa  593  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  55.14 
 
 		 530 aa  587  1e-166  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  54.95 
 
 		 533 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  55.51 
 
 		 533 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  55.81 
 
 		 530 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  53.92 
 
 		 534 aa  559  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  51.98 
 
 		 524 aa  504  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  51.47 
 
 		 533 aa  491  9.999999999999999e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  47.87 
 
 		 530 aa  474  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  48.18 
 
 		 525 aa  471  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  47.06 
 
 		 531 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  46.97 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  47.3 
 
 		 532 aa  457  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  45.34 
 
 		 532 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  48.59 
 
 		 526 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  45.19 
 
 		 594 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  45.19 
 
 		 594 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  44.69 
 
 		 535 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 533 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  44.51 
 
 		 533 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  43.16 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  44.15 
 
 		 534 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  44.55 
 
 		 533 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  43.08 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.45 
 
 		 856 aa  400  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  43.56 
 
 		 533 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.41 
 
 		 853 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.8 
 
 		 839 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.4 
 
 		 625 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  43.5 
 
 		 632 aa  385  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  43.5 
 
 		 632 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  44.31 
 
 		 640 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  43.54 
 
 		 618 aa  381  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  43.42 
 
 		 609 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.11 
 
 		 848 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  42.32 
 
 		 632 aa  382  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  43.45 
 
 		 621 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.16 
 
 		 849 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  43.45 
 
 		 622 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.19 
 
 		 856 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  42.94 
 
 		 636 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  44.27 
 
 		 614 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  41.98 
 
 		 614 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  43.88 
 
 		 623 aa  365  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  42.52 
 
 		 521 aa  363  4e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  42.69 
 
 		 604 aa  361  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  39.85 
 
 		 535 aa  362  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  40.82 
 
 		 626 aa  359  7e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  39.12 
 
 		 615 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  41.56 
 
 		 599 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  40.37 
 
 		 533 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  41.48 
 
 		 529 aa  355  1e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  354  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  37 
 
 		 613 aa  354  2.9999999999999997e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  40.04 
 
 		 531 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 615 aa  354  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  41.62 
 
 		 510 aa  352  1e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  42.56 
 
 		 625 aa  352  1e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  38.74 
 
 		 615 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  38.74 
 
 		 615 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  38.74 
 
 		 615 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  38.17 
 
 		 604 aa  351  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  41.95 
 
 		 526 aa  351  2e-95  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  42.27 
 
 		 554 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 604 aa  351  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  42.27 
 
 		 554 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  38.17 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  41.15 
 
 		 554 aa  350  3e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  42.63 
 
 		 554 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  38.55 
 
 		 615 aa  350  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  41.46 
 
 		 534 aa  349  6e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  41.81 
 
 		 626 aa  349  7e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  39.11 
 
 		 531 aa  349  8e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 604 aa  349  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 615 aa  349  8e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 615 aa  349  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  39.31 
 
 		 621 aa  349  9e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  40.96 
 
 		 534 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 		 618 aa  346  5e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  40.19 
 
 		 556 aa  346  5e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.04 
 
 		 844 aa  346  6e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  39.96 
 
 		 532 aa  346  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  39.89 
 
 		 534 aa  346  7e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 		 629 aa  346  7e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 681 aa  345  8e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 		 554 aa  345  8.999999999999999e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 		 618 aa  345  1e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.48 
 
 		 834 aa  345  1e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  38.39 
 
 		 629 aa  345  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.51 
 
 		 845 aa  345  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  40.84 
 
 		 607 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>