More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1870 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  62.38 
 
 		 538 aa  701    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  58.8 
 
 		 534 aa  646    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  57.3 
 
 		 546 aa  662    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  59.3 
 
 		 533 aa  654    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  100 
 
 		 540 aa  1110    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  63.04 
 
 		 538 aa  709    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  61.83 
 
 		 540 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  57.14 
 
 		 539 aa  659    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  50.63 
 
 		 565 aa  595  1e-169  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  52.52 
 
 		 576 aa  588  1e-167  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  50.5 
 
 		 563 aa  526  1e-148  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  46.37 
 
 		 551 aa  497  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 498 aa  369  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  39.04 
 
 		 559 aa  370  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  32.93 
 
 		 501 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1565  oligopeptide-binding protein, putative  48.67 
 
 		 381 aa  296  6e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.306093  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 526 aa  276  5e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  33.9 
 
 		 509 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 508 aa  266  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  33.52 
 
 		 619 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  34.28 
 
 		 553 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 555 aa  254  3e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  31.3 
 
 		 557 aa  250  5e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  34.01 
 
 		 554 aa  247  3e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.29 
 
 		 534 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  32.55 
 
 		 534 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  30.81 
 
 		 622 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 618 aa  242  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.25 
 
 		 511 aa  240  5.999999999999999e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 		 545 aa  239  8e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.59 
 
 		 511 aa  239  1e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  33.87 
 
 		 541 aa  238  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  31.64 
 
 		 524 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 510 aa  236  7e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.39 
 
 		 511 aa  236  1.0000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  30.95 
 
 		 510 aa  234  4.0000000000000004e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.73 
 
 		 505 aa  233  5e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.9 
 
 		 511 aa  233  5e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 		 532 aa  233  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 		 628 aa  232  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 		 600 aa  230  5e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 515 aa  230  6e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  32.45 
 
 		 518 aa  229  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  32.5 
 
 		 520 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.53 
 
 		 594 aa  228  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.56 
 
 		 511 aa  228  2e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 528 aa  228  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  31.56 
 
 		 495 aa  226  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 544 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  28.51 
 
 		 518 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0567  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 608 aa  223  9e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  27.33 
 
 		 580 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  27.33 
 
 		 579 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  31.98 
 
 		 509 aa  221  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.76 
 
 		 524 aa  220  6e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 536 aa  220  6e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 544 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.12 
 
 		 596 aa  218  2e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 		 528 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 575 aa  216  7e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.96 
 
 		 539 aa  216  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 527 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 		 575 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.88 
 
 		 510 aa  216  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0614  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 		 593 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.459899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 575 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.02 
 
 		 556 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  31.68 
 
 		 524 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30.22 
 
 		 516 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 		 534 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.57 
 
 		 542 aa  213  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  26.03 
 
 		 607 aa  212  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  31.68 
 
 		 520 aa  213  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  26.03 
 
 		 607 aa  210  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 595 aa  211  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 		 524 aa  210  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 539 aa  209  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.83 
 
 		 575 aa  209  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  30.38 
 
 		 558 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  29.22 
 
 		 575 aa  209  1e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  29.03 
 
 		 575 aa  208  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 510 aa  208  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 595 aa  207  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0937  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 586 aa  207  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 		 544 aa  207  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.68 
 
 		 528 aa  207  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.68 
 
 		 528 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.47 
 
 		 528 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.47 
 
 		 528 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 		 580 aa  206  1e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.65 
 
 		 529 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.68 
 
 		 529 aa  205  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.27 
 
 		 528 aa  205  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 532 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4683  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 564 aa  204  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 577 aa  204  4e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.48 
 
 		 502 aa  204  4e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>