More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1833 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  100 
 
 
583 aa  1198    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  45.03 
 
 
572 aa  518  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  33.74 
 
 
580 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  32.36 
 
 
574 aa  303  5.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  32.89 
 
 
584 aa  301  2e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  33.45 
 
 
571 aa  299  7e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  31.31 
 
 
576 aa  293  7e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  31.35 
 
 
559 aa  285  2.0000000000000002e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  31.73 
 
 
556 aa  280  7e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  30.43 
 
 
569 aa  264  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  32.48 
 
 
577 aa  260  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  30.57 
 
 
573 aa  253  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0494  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.79 
 
 
519 aa  231  2e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.85 
 
 
542 aa  232  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.49 
 
 
521 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000641444  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.78 
 
 
521 aa  221  3e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.7 
 
 
748 aa  220  5e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.96 
 
 
550 aa  214  2.9999999999999995e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.28 
 
 
755 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.47 
 
 
763 aa  201  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  29.03 
 
 
877 aa  194  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.64 
 
 
752 aa  194  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.88 
 
 
756 aa  193  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  31.13 
 
 
767 aa  191  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.81 
 
 
759 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  28.91 
 
 
747 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  28.34 
 
 
759 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  30.39 
 
 
435 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  29.55 
 
 
500 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0178  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.05 
 
 
443 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0335  hydrogenase large subunit-like protein  28.86 
 
 
448 aa  148  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  33.33 
 
 
490 aa  144  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1292  Fe-S cluster domain protein  27.15 
 
 
443 aa  144  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  33.02 
 
 
490 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0093  Fe-S cluster domain protein  25.34 
 
 
460 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000835421 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  32.29 
 
 
462 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  32.2 
 
 
482 aa  138  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  28.29 
 
 
483 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  31.09 
 
 
454 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  28.78 
 
 
507 aa  128  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  28.7 
 
 
493 aa  125  3e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  28.66 
 
 
488 aa  124  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  31.27 
 
 
485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  27.71 
 
 
456 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  31 
 
 
482 aa  121  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  29.41 
 
 
491 aa  120  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  32.67 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0912  Fe-S cluster domain protein  25.87 
 
 
443 aa  117  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  32.26 
 
 
435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  31.56 
 
 
490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  26.97 
 
 
508 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  26.48 
 
 
478 aa  112  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3798  Fe-S cluster domain-containing protein  26.36 
 
 
427 aa  112  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.818918  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  29.12 
 
 
666 aa  109  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  26.36 
 
 
582 aa  103  9e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0692  Fe-S cluster domain protein  24.58 
 
 
434 aa  100  7e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  26.68 
 
 
562 aa  100  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  26.52 
 
 
572 aa  100  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  26.69 
 
 
666 aa  99.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  23.88 
 
 
581 aa  99  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  26.84 
 
 
667 aa  98.2  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  27.27 
 
 
566 aa  97.8  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  27.86 
 
 
531 aa  96.3  1e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  29.39 
 
 
424 aa  96.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  27.25 
 
 
387 aa  96.3  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  27.64 
 
 
567 aa  96.3  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1040  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  22.8 
 
 
696 aa  95.9  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  26.2 
 
 
645 aa  95.9  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  31.17 
 
 
429 aa  95.9  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  26.2 
 
 
645 aa  95.1  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  24.29 
 
 
653 aa  94.7  4e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  29.96 
 
 
449 aa  94.4  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  25.97 
 
 
572 aa  94.4  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  26 
 
 
520 aa  94.4  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  26.02 
 
 
574 aa  94  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  28.65 
 
 
619 aa  93.6  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  29.52 
 
 
449 aa  91.3  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  25.06 
 
 
594 aa  89.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  24.2 
 
 
579 aa  89.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  26.08 
 
 
460 aa  89  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  25.26 
 
 
527 aa  89  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  25.43 
 
 
596 aa  88.6  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  28.95 
 
 
644 aa  87.8  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  25.78 
 
 
696 aa  88.2  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  27.65 
 
 
586 aa  88.2  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  27.44 
 
 
421 aa  87  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  22.3 
 
 
582 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  27.65 
 
 
582 aa  85.1  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  25.25 
 
 
659 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  25.78 
 
 
696 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  27.3 
 
 
582 aa  83.6  0.000000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  22.78 
 
 
582 aa  83.2  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  24.66 
 
 
582 aa  81.6  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  23.87 
 
 
601 aa  81.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  27.24 
 
 
577 aa  81.3  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  24.81 
 
 
581 aa  81.6  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  27.65 
 
 
625 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  26.6 
 
 
578 aa  80.5  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  25.93 
 
 
458 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  28.99 
 
 
578 aa  80.1  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>