More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1597 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  100 
 
 
308 aa  619  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  54.83 
 
 
296 aa  326  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 
297 aa  325  6e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 
294 aa  265  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.14 
 
 
290 aa  229  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.79 
 
 
290 aa  226  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.52 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.94 
 
 
286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 
311 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.23 
 
 
296 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
308 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 
308 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.59 
 
 
303 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 
296 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
293 aa  206  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.18 
 
 
293 aa  206  5e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.72 
 
 
308 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  41.72 
 
 
306 aa  205  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
287 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
287 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
287 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
287 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
287 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
308 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
308 aa  202  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 
308 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
308 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  37.24 
 
 
291 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
325 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.67 
 
 
288 aa  198  7.999999999999999e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  39.79 
 
 
296 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 
290 aa  195  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 
290 aa  195  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.76 
 
 
290 aa  195  9e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
297 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
304 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 
304 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
301 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
294 aa  189  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
294 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  41.18 
 
 
308 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
294 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  41.29 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.29 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 
298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.68 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
308 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  36.39 
 
 
300 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
323 aa  182  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
295 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
317 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
308 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
307 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
290 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.93 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  36.11 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
304 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 
291 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
301 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
300 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 
308 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.32 
 
 
292 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  35.89 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  34.84 
 
 
308 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 
293 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
318 aa  168  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 
298 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 
305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.84 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
313 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
313 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
299 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
307 aa  164  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
297 aa  161  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
308 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
308 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 
319 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 
319 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>