More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1394 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
451 aa  937    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  64.33 
 
 
471 aa  623  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  61.52 
 
 
447 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  50.46 
 
 
446 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  48.44 
 
 
465 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0433  radical SAM domain-containing protein  48.68 
 
 
433 aa  418  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  42.44 
 
 
446 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  43.84 
 
 
445 aa  410  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  43.69 
 
 
450 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  42 
 
 
445 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  46.33 
 
 
421 aa  392  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  41.88 
 
 
437 aa  382  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3051  Radical SAM domain protein  37.96 
 
 
461 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.684834  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  33.66 
 
 
513 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  30.11 
 
 
434 aa  211  3e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  30.84 
 
 
372 aa  102  2e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 
340 aa  94  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  33.15 
 
 
390 aa  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 
355 aa  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 
335 aa  87  7e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  24.69 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 
332 aa  84.3  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  24.31 
 
 
301 aa  84  0.000000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 
351 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  25.68 
 
 
340 aa  80.5  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 
340 aa  80.5  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 
341 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  27.22 
 
 
358 aa  78.6  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 
322 aa  79  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 
331 aa  77.4  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  31.55 
 
 
374 aa  76.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
345 aa  76.3  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3080  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 
351 aa  75.9  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  29.26 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
351 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 
367 aa  72.8  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  24.81 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 
428 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  24.56 
 
 
339 aa  72.4  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  28.35 
 
 
335 aa  70.1  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  28.37 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  23.35 
 
 
399 aa  69.3  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  28.68 
 
 
341 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2189  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.08 
 
 
342 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28518  hitchhiker  0.000000328904 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2559  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.08 
 
 
342 aa  68.6  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  29.14 
 
 
406 aa  67.8  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  29.14 
 
 
406 aa  67.8  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  27.1 
 
 
359 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  23.5 
 
 
873 aa  67  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1148  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.96 
 
 
298 aa  66.2  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  25.65 
 
 
354 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 
404 aa  65.1  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2991  Radical SAM domain protein  29.51 
 
 
397 aa  64.7  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2270  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 
345 aa  64.7  0.000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1943  Radical SAM domain protein  28.8 
 
 
315 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.227047  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.63 
 
 
394 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 
393 aa  63.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  31.21 
 
 
418 aa  63.5  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  31.01 
 
 
387 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1926  radical SAM domain-containing protein  28.14 
 
 
347 aa  62.4  0.00000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.265306  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2231  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.19 
 
 
345 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.813022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.35 
 
 
387 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 
332 aa  63.2  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  29.44 
 
 
387 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1476  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.27 
 
 
299 aa  62  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  25.62 
 
 
413 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0056  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.72 
 
 
348 aa  62  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0808361  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  24.31 
 
 
410 aa  61.6  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4250  Radical SAM domain protein  23.65 
 
 
381 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.53 
 
 
399 aa  60.8  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1586  radical SAM family protein  27.04 
 
 
356 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  23.71 
 
 
329 aa  60.8  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  27.43 
 
 
402 aa  60.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2272  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.35 
 
 
326 aa  60.5  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1217  Radical SAM domain protein  24.59 
 
 
343 aa  60.1  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0163769  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  23.06 
 
 
422 aa  60.1  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 
338 aa  60.1  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5597  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  26.88 
 
 
397 aa  59.7  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5311  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5139  molybdenum cofactor biosynthesis enzyme  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.219844  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5153  molybdenum cofactor biosynthesis enzyme  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.120302  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5580  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.488042  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
428 aa  59.7  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2818  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.81 
 
 
326 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5707  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1273  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 
320 aa  59.7  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.390011  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5642  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00436698  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5552  hypothetical protein  25.43 
 
 
292 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.05586e-17 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.2 
 
 
298 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0369  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.37 
 
 
321 aa  59.7  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 
393 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  26.95 
 
 
344 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  28.3 
 
 
394 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
394 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2766  radical SAM family Fe-S protein  32.56 
 
 
340 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.94 
 
 
373 aa  58.9  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4173  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 
344 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1951  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.59 
 
 
326 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>