More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1301 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  57.2 
 
 		 266 aa  278  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  56.78 
 
 		 266 aa  275  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.4 
 
 		 247 aa  275  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  58.05 
 
 		 239 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.98 
 
 		 258 aa  265  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  57.26 
 
 		 274 aa  250  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  55.65 
 
 		 271 aa  248  7e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.34 
 
 		 237 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 264 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  51.9 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  51.9 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  51.9 
 
 		 242 aa  235  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  51.9 
 
 		 242 aa  236  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  235  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  236  3e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 242 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  51.9 
 
 		 242 aa  234  7e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  53.36 
 
 		 243 aa  234  9e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 243 aa  232  3e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.62 
 
 		 240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  49.37 
 
 		 309 aa  230  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  51.91 
 
 		 251 aa  228  9e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  53.85 
 
 		 238 aa  221  6e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  52.81 
 
 		 273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  51.88 
 
 		 255 aa  219  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 236 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  49.22 
 
 		 680 aa  212  4.9999999999999996e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 239 aa  206  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 249 aa  206  2e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 243 aa  206  3e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  45.22 
 
 		 235 aa  205  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  51.72 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.86 
 
 		 249 aa  204  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.58 
 
 		 268 aa  201  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  49.78 
 
 		 247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  45.89 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  44.77 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.82 
 
 		 250 aa  195  5.000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  48.07 
 
 		 567 aa  194  9e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 241 aa  194  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 274 aa  194  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 403 aa  193  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  51.69 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  48.09 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  44.12 
 
 		 245 aa  192  5e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 556 aa  191  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 255 aa  192  6e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 240 aa  191  8e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  46.98 
 
 		 406 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.01 
 
 		 624 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  44.4 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 329 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 239 aa  189  4e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 324 aa  188  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.86 
 
 		 269 aa  188  8e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 554 aa  187  9e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 259 aa  187  9e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  45.53 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  48.54 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  44.87 
 
 		 265 aa  186  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  45.45 
 
 		 621 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.26 
 
 		 328 aa  185  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 256 aa  186  4e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  46.05 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  47.01 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  43.97 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 322 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 379 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 426 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  43.72 
 
 		 263 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 254 aa  181  8.000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.76 
 
 		 340 aa  181  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 329 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  46.79 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  44.49 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  44.73 
 
 		 248 aa  179  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  43.83 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.92 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 292 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  47.95 
 
 		 292 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.27 
 
 		 290 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 728 aa  179  4e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  44.3 
 
 		 248 aa  179  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 332 aa  178  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 237 aa  179  4.999999999999999e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>